Theo đó, ngoài các quyền, nghĩa vụ của người khai hải quan quy định tại Luật Hải quan; quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế quy định tại các Luật về thuế; quyền, nghĩa vụ của đối tượng lựa chọn giao dịch bằng phương tiện điện tử quy định tại Luật Giao dịch điện tử và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thực hiện, người khai hải quan điện tử còn có các quyền và nghĩa vụ sau:
- Quyền của người khai hải quan điện tử
+ Được ưu tiên thực hiện trước so với trường hợp đăng ký hồ sơ hải quan bằng giấy khi cơ quan Hải quan xác định phải kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa;
+ Được thực hiện khai hải quan điện tử 24 giờ trong ngày, 7 ngày trong tuần và nhận thông tin phản hồi của cơ quan Hải quan trực tiếp qua Hệ thống xử lý dử liệu điện tử hải quan; trường hợp khai hải quan trong thời gian nghỉ theo quy định của pháp luật, nhưng thuộc diện phải nộp, xuất trình chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan để cơ quan Hải quan kiểm tra làm cơ sở thực hiện các thủ tục tiếp theo thì được phản hồi kết quả chậm nhất 04 giờ kể từ thời điểm bắt đầu ngày làm việc kế tiếp;
+ Được sử dụng chứng từ in ra từ Hệ thống khai hải quan điện tử (có đóng dấu và chữ ký của người khai hải quan điện tử) đối với lô hàng đã được cơ quan Hải quan chấp nhận thông quan trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để làm chứng từ vận chuyển hàng hóa trên đường;
+ Được lựa chọn hình thức nộp lệ phí hải quan và các loại phí do cơ quan Hải quan thu hộ các hiệp hội, tổ chức (nếu có) cho từng tờ khai hải quan hoặc nộp gộp theo tháng;
+ Được cơ quan Hải quan cung cấp thông tin về quá trình xử lý hồ sơ hải quan điện tử thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Nghĩa vụ của người khai hải quan điện tử
+ Thực hiện việc lưu giữ chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan (bao gồm cả bản sao) theo quy định của Luật giao dịch điện tử và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan; cung cấp các chứng từ điện tử có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu cho cơ quan Hải quan để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra theo thẩm quyền;
+ Trường hợp pháp luật quy định phải nộp chứng từ, tài liệu dưới dạng giấy cho cơ quan Hải quan khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, người khai hải quan phải ký tên, đóng dấu vào các chứng từ, tài liệu và chịu trách nhiệm truớc pháp luật về tính chính xác, trung thực của các chứng từ, tài liệu đó;
+ Khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, người khai hải quan phải sử dụng chữ ký số đã đăng ký với cơ quan Hải quan. Trong giai đoạn chưa có chữ ký số thì được sử dụng tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Người khai hải quan có trách nhiệm bảo mật tài khoản để sử dụng khi giao dịch với cơ quan Hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và chịu trách nhiệm về các giao dịch điện tử theo quy định của pháp luật.
+ Đáp ứng các điều kiện về công nghệ thông tin và kỹ năng khai hải quan điện tử. Trường hợp chưa đáp ứng được các điều kiện về công nghệ thông tin và kỹ năng khai hải quan điện tử thì thông qua đại lý làm thủ tục hải quan có đủ điều kiện để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.