Theo đó, đơn vị sự nghiệp y tế được đăng ký và phân loại theo 04 nhóm sau đây: Nhóm 1: Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm được toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên và kinh phí đầu tư phát triển; Nhóm 2: Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm được toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên; Nhóm 3: Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm một phần kinh phí hoạt động thường xuyên;  Nhóm 4: Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp thấp hoặc không có nguồn thu, kinh phí hoạt động thường xuyên theo chức năng, nhiệm vụ được giao do ngân sách nhà nước bảo đảm toàn bộ.
Ngoài ra, Nghị định còn quy định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh là số tiền phải trả cho mỗi dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, thực hiện theo lộ trình sau:
1. Năm 2013: Giá các dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh được tính trên cơ sở các chi phí trực tiếp sau đây: Tiền thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao, vật tư thay thế để thực hiện dịch vụ (bao gồm cả chi phí bảo quản, hao hụt theo định mức được cơ quan có thẩm quyền quy định); tiền điện, nước, nhiên liệu, xử lý chất thải, vệ sinh môi trường trực tiếp để thực hiện dịch vụ; duy tu, bảo dưỡng thiết bị, mua thay thế công cụ, dụng cụ trực tiếp sử dụng để thực hiện các dịch vụ; chi phí chi trả phụ cấp thường trực, chi phí chi trả phụ cấp phẫu thuật, thủ thuật.
2. Giai đoạn 2014 - 2017: Giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh được tính trên cơ sở các chi phí sau đây:
- Các khoản chi phí theo quy định nêu trên;
- Chi phí về tiền lương:
+ Năm 2014 - 2015: Chỉ tính 30% Quỹ tiền lương cơ bản đối với các bệnh viện tuyến tỉnh ở khu vực miền núi, Tây Nguyên và các bệnh viện quận thuộc Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, 50% Quỹ tiền lương cơ bản đối với các bệnh viện tuyến Trung ương và của các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương còn lại.
+ Năm 2016 - 2017: Được tính 100% Quỹ tiền lương cơ bản đối với các bệnh viện tuyến tỉnh, tuyến trung ương và các bệnh viện quận thuộc Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, 50% Quỹ tiền lương cơ bản đối với các bệnh viện tuyến huyện còn lại;
- Chi phí nhân công thuê ngoài (nếu có). Chi phí đặc thù tối đa không quá 50% chi phí tiền lương của dịch vụ để chi trả thù lao nhằm khuyến khích, thu hút các chuyên gia, thầy thuốc giỏi làm việc tại đơn vị;
- Khấu hao tài sản cố định là máy móc thiết bị trực tiếp sử dụng để thực hiện dịch vụ theo chế độ áp dụng đối với doanh nghiệp nhà nước; chi phí chi trả lãi tiền vay theo các hợp đồng vay vốn, huy động vốn để đầu tư, mua sắm trang thiết bị để thực hiện dịch vụ (nếu có): Được tính và phân bổ vào chi phí của các dịch vụ sử dụng nguồn vốn này;
- Chi phí gián tiếp, các chi phí hợp pháp khác để vận hành, bảo đảm hoạt động bình thường của bệnh viện.
3. Giai đoạn từ năm 2018 trở đi, giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh được tính đủ các chi phí để thực hiện dịch vụ, gồm:
- Các chi phí trực tiếp: Chi phí về thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao, vật tư thay thế (bao gồm cả chi phí bảo quản, hao hụt theo định mức được cơ quan có thẩm quyền quy định); chi phí về điện, nước, nhiên liệu, xử lý chất thải, vệ sinh môi trường; tiền lương, phụ cấp, các khoản đóng góp theo chế độ; chi phí thuê nhân công thuê ngoài; chi phí đặc thù tối đa không quá 50% chi phí tiền lương của dịch vụ; chi phí duy tu, bảo dưỡng, sửa chữa tài sản cố định, mua sắm thay thế công cụ, dụng cụ trực tiếp sử dụng để thực hiện dịch vụ kỹ thuật; khấu hao tài sản cố định theo chế độ áp dụng đối với doanh nghiệp nhà nước; chi phí chi trả lãi tiền vay theo các hợp đồng vay vốn, huy động vốn để đầu tư, mua sắm trang thiết bị để thực hiện dịch vụ (nếu có): Được tính và phân bổ vào chi phí của các dịch vụ sử dụng nguồn vốn này.
- Chi phí gián tiếp: Chi phí của bộ phận gián tiếp, các chi phí hợp pháp khác để vận hành, bảo đảm hoạt động bình thường của bệnh viện; chi phí đào tạo, nghiên cứu khoa học để ứng dụng các kỹ thuật mới.
- Chi phí về tiền lương được tính theo nguyên tắc sau: Đối với những dịch vụ có đơn giá tiền lương trong đơn giá của dịch vụ được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thì được tính theo đơn giá tiền lương đã được phê duyệt. Đối với những dịch vụ chưa được quy định đơn giá tiền lương trong đơn giá của dịch vụ thì chi phí về tiền lương được tính trên cơ sở hao phí lao động và mức tiền lương bình quân để thực hiện dịch vụ.
- Giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đối với các đơn vị thuộc nhóm 1, nhóm 2, cơ sở thực hiện xã hội hóa của đơn vị sự nghiệp y tế công lập được tính đầy đủ các yếu tố chi phí quy định tại Khoản 3 Điều này và có tích lũy để đầu tư phát triển. Mức tích lũy tối đa không quá 10% chi phí của dịch vụ và được bổ sung vào Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị.