Một số quy định được sửa đổi, bổ sung như sau:

- Thay đổi tên gọi Ban Chỉ đạo thành Ban Chỉ huy phòng, chống lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn khu vực; Ban Chỉ huy phòng, chống lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn cấp cơ sở.

- Thay đổi tên gọi của Phân ban quản lý cơ sở hạ tầng đường sắt khu vực; các Công ty quản lý đường sắt, các Công ty thông tin tín hiệu đường sắt (gọi tắt là các Công ty quản lý kết cấu hạ tầng đường sắt) thành các đơn vị thực hiện quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt (trong thành phần các Ban Chỉ huy và Đội xung kích).

- Bổ sung quy định cụ thể về ngày trực phòng, chống lụt, bão, ứng phó sự cố, thiên tai là từ ngày 05 tháng 5 đến hết ngày 31 tháng 12 hằng năm.

- Quy định chi tiết hơn về hồ sơ khắc phục hậu quả lụt, bão, sự cố, thiên tai đối với công trình đường sắt bước 1, cụ thể: Biên bản thiệt hại do lụt, bão, sự cố, thiên tai gây ra có xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp xã (phường, thị trấn) nơi xảy ra lụt, bão, sự cố, thiên tai gây thiệt hại đối với công trình đường sắt; hồ sơ thiết kế, dự toán hoặc phương án kỹ thuật gia cố, khôi phục công trình đường sắt bước 1 đã được phê duyệt; hồ sơ hoàn công công trình theo quy định của pháp luật về xây dựng; các hóa đơn, chứng từ, tài liệu khác liên quan của bước 1; hồ sơ dự toán.

 - Bổ sung trách nhiệm của Cục Đường sắt Việt Nam, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam trong công tác phòng ngừa lụt, bão, sự cố, thiên tai; ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn; khắc phục hậu quả lụt, bão, sự cố, thiên tai. Cục Đường sắt Việt Nam và Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chịu trách nhiệm trước Bộ Giao thông vận tải và trước pháp luật về nhiệm vụ phòng, chống khắc phục sự cố thiên tai và tìm kiếm cứu nạn trong hoạt động đường sắt được giao theo quy định.

- Bổ sung quy định về thời gian và chế độ thông tin, báo cáo. Về thời gian, Kế hoạch phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn đường sắt theo chu kỳ 05 (năm) năm tương ứng với kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội. Trước ngày 31 tháng 3 hằng năm, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam tổ chức kiểm tra hiện trường để lập kế hoạch phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn đường sắt. Trước ngày 15 tháng 6 hằng năm, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam dự kiến điều chỉnh kế hoạch năm về phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn đường sắt trình Cục Đường sắt Việt Nam thẩm tra kế hoạch trước khi trình Bộ Giao thông vận tải thẩm định, phê duyệt.

Chế độ thông tin, báo cáo của các chủ thể liên quan đến công tác phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn đường sắt: Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cung cấp danh sách và thông tin liên lạc cần thiết của các thành viên trong Ban Chỉ huy phòng, chống lụt, bão và tìm kiếm cứu nạn; nhiệm vụ, địa chỉ của các chủ thể liên quan thuộc phạm vi quản lý của doanh nghiệp trong việc phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và cứu nạn về Bộ Giao thông vận tải và Cục Đường sắt Việt Nam trước ngày 31 tháng 3 hằng năm. Trong vòng 48 giờ kể từ khi xảy ra lụt, bão; sự cố, thiên tai, các chủ thể có liên quan bị ảnh hưởng do lụt, bão, sự cố, thiên tai phải kịp thời báo cáo Bộ Giao thông vận tải và Cục Đường sắt Việt Nam các nội dung về tình hình diễn biến lụt, bão, sự cố, thiên tai; sơ bộ mức độ thiệt hại; dự kiến phương án, tiến độ ứng phó và khắc phục.

Ngoài ra, Thông tư sửa đổi, bổ sung quy định về tổ chức xử lý khi lụt, bão, sự cố, thiên tai xảy ra; nội dung khắc phục hậu quả lụt, bão, sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn; các bước cứu chữa, khắc phục hậu quả lụt, bão, sự cố, thiên tai; nguồn kinh phí phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn; chi phí phòng, chống, khắc phục hậu quả lụt, bão; ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn.