Theo đó, Thông tư hướng dẫn việc xác định tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuê đất có mặt nước và tiền thuê mặt nước trong một số trường hợp cụ thể như sau:

          Trường hợp thuê đất trả tiền hàng năm không thông qua đấu giá, đơn giá thuê đất được xác định bằng mức tỷ lệ phần trăm (%) nhân (x) giá đất cụ thể theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP. Trong đó:

          - Mức tỷ lệ phần trăm (%) tính đơn giá thuê đất từ 0,5% đến 3% do Sở Tài chính nơi đặt Khu kinh tế chủ trì phối hợp với Ban quản lý Khu kinh tế và các cơ quan liên quan xác định theo từng vị trí đất, khu vực, tuyến đường tương ứng với từng mục đích sử dụng đất; trình Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh) ban hành và công bố công khai trong quá trình triển khai thực hiện.

          - Giá đất cụ thể được xác định theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất quy định tại Nghị định của Chính phủ về giá đất. Hệ số điều chỉnh giá đất do Sở Tài chính nơi đặt Khu kinh tế chủ trì phối hợp với Ban quản lý Khu kinh tế và các cơ quan liên quan xác định theo từng vị trí đất, khu vực, tuyến đường tương ứng với từng mục đích sử dụng đất phù hợp với thị trường và điều kiện phát triển kinh tế, xã hội tại địa phương; trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành hàng năm sau khi xin ý kiến của Thường trực Hội đồng nhân dân cùng cấp và công bố công khai trong quá trình triển khai thực hiện...

            Đối với trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thông qua hình thức đấu giá, được xác định: Giá khởi điểm để đấu giá quyền sử dụng đất thuê trả tiền thuê đất hàng năm là đơn giá thuê đất trả tiền hàng năm do Ban quản lý Khu kinh tế xác định và phê duyệt sau khi có ý kiến thống nhất của Sở Tài chính trên cơ sở giá đất tại Bảng giá đất, hệ số điều chỉnh giá đất, mức tỷ lệ (%) do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành...

            Thông tư cũng hướng trường hợp thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê không thông qua đấu giá; thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê thông qua hình thức đấu giá; Xác định, thu nộp tiền thuê đất có mặt nước; Xác định tiền thuê mặt nước và Tổ chức quản lý, thu nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuê mặt nước và tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng phải hoàn trả...

          Ngoài ra, Thông tư quy định các trường hợp miễn giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, theo đó: Việc miễn, giảm tiền sử dụng đất trong Khu kinh tế thực hiện theo quy định tại Điều 7 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP; Ban Quản lý Khu kinh tế xác định số tiền sử dụng đất được miễn, giảm theo quy định của Chính phủ về thu tiền sử dụng đất và ghi vào Quyết định miễn, giảm tiền sử dụng đất theo mẫu ban hành kèm theo Thông tư số 76/2014/TT-BTC.

          Trường hợp được miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản, quy định như sau: Căn cứ hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất do người thuê đất nộp theo quy định tại điểm a khoản 11 Điều 8 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP, Ban quản lý Khu kinh tế phối hợp với các cơ quan khác có liên quan (nếu cần) xác định thời gian xây dựng cơ bản và ban hành Quyết định miễn tiền thuê đất đối với từng dự án đầu tư nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày có quyết định cho thuê đất; Trường hợp Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư của cấp có thẩm quyền đã cấp lần đầu theo quy định của pháp luật có ghi thời gian xây dựng cơ bản (tiến độ thực hiện dự án) thì Ban quản lý Khu kinh tế căn cứ vào các giấy tờ này ban hành quyết định miễn tiền thuê đất đối với từng dự án nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày có quyết định cho thuê đất.

          Trường hợp người thuê đất đề nghị không miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản thì thời gian miễn tiền thuê đất theo quy định của pháp luật đầu tư tính từ thời điểm có quyết định cho thuê đất. Trường hợp chậm nộp hồ sơ miễn tiền thuê đất theo quy định của pháp luật đầu tư thì chỉ được miễn tiền thuê đất cho thời gian ưu đãi còn lại (nếu có) tính từ thời điểm Ban quản lý Khu kinh tế nhận đủ hồ sơ theo quy định và không được miễn tiền thuê đất trong thời gian chậm nộp hồ sơ.

          Việc miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước trong thời gian xây dựng cơ bản được thực hiện theo dự án gắn với việc thuê đất mới, chuyển từ giao đất không thu tiền sử dụng đất sang thuê đất; không bao gồm các trường hợp đầu tư xây dựng cải tạo, mở rộng cơ sở sản xuất kinh doanh...