Theo đó, Quy trình khai báo và cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được quy định cụ thể, như sau:

1. Thương nhân đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa khai báo hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo biểu mẫu điện tử sẵn có trên Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử của Bộ Công Thương tại địa chỉ www.ecosys.gov.vn hoặc trang điện tử khác của các cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được Bộ Công Thương ủy quyền. Mã HS của hàng hóa khai báo trên Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa là mã HS của nước xuất khẩu. Trường hợp mã HS của nước xuất khẩu khác với mã HS của nước nhập khẩu đối với cùng một mặt hàng, thương nhân được phép sử dụng mã HS của nước nhập khẩu và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của mã HS nước nhập khẩu do thương nhân khai báo.

2. Trường hợp thương nhân đính kèm hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử của Bộ Công Thương tại địa chỉ www.ecosys.gov.vn hoặc trang điện tử khác của các cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được Bộ Công Thương ủy quyền, quy trình cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được thực hiện theo các bước sau đây:

a) Thương nhân đính kèm các chứng từ của hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa dưới dạng điện tử. Các chứng từ này phải được thương nhân xác thực bằng chữ ký số do cơ quan có thẩm quyền cấp. Bản giấy của các chứng từ này không cần phải nộp lại cho cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa;

b) Trong thời hạn 6 giờ làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ đầy đủ và hợp lệ dưới dạng điện tử, cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa thông báo trên hệ thống kết quả xét duyệt hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa cho thương nhân;

c) Trong thời hạn 2 giờ làm việc kể từ khi nhận được đơn đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa và Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa đã được khai hoàn chỉnh và hợp lệ dưới dạng bản giấy nêu tại điểm a và điểm b Khoản 1 Điều 15 Nghị định này, cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trả kết quả cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa dưới dạng bản giấy.

3. Trường hợp thương nhân nộp hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trực tiếp tại trụ sở của cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa, quy trình cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được thực hiện theo các bước sau đây:

a) Thương nhân nộp các chứng từ của hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa dưới dạng bản giấy;

b) Cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trả kết quả cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn 8 giờ làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa đầy đủ và hợp lệ.

4. Trường hợp thương nhân nộp hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa qua bưu điện, thời gian trả kết quả cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa là 24 giờ làm việc kể từ khi cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhận được hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa đầy đủ và hợp lệ theo ngày ghi trên bì thư.

5. Trong trường hợp hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa không rõ ràng, không chứng minh được hàng hóa đáp ứng tiêu chí xuất xứ, có dấu hiệu gian lận về chuyển tải, hoặc phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật đối với Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa đã cấp trước đó, cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa tiến hành kiểm tra tại cơ sở sản xuất theo quy định tại Điều 28 Nghị định về kiểm tra, xác minh xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.