Thông tư  nêu rõ nguyên tắc chung để xác định xuất xứ hàng hóa là hàng hóa có xuất xứ tại nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ nơi thực hiện quy trình sản xuất cuối cùng làm thay đổi cơ bản hàng hóa đó.

Quy tắc xuất xứ hàng hóa ưu đãi: Đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu thuộc diện được hưởng chế độ ưu đãi thuế quan và phi thuế quan, quy tắc xuất xứ ưu đãi được thực hiện theo Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc gia nhập và theo quy định của Bộ Công Thương hướng dẫn Điều ước quốc tế đó. Đối với hàng hóa xuất khẩu thuộc diện được hưởng chế độ ưu đãi thuế quan phổ cập và các ưu đãi đơn phương khác, quy tắc xuất xứ ưu đãi được thực hiện theo quy định của nước nhập khẩu dành cho các ưu đãi này và theo quy định của Bộ Công Thương hướng dẫn quy tắc xuất xứ đó.

Quy tắc xuất xứ hàng hóa không ưu đãi: Hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu được coi là có xuất xứ thuần túy hoặc được sản xuất toàn bộ tại một nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ nếu thuộc các trường hợp sau đây: Cây trồng và các sản phẩm từ cây trồng được trồng và thu hoạch tại nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó; động vật sống và các sản phẩm động vật sống được sinh ra và nuôi dưỡng tại nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó; các sản phẩm thu được từ săn bắn, đặt bẫy, đánh bắt, nuôi trồng, thu lượm hoặc săn bắt tại nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó; các khoáng sản và các chất sản sinh tự nhiên, không được liệt kê trên đây, được chiết xuất hoặc lấy ra từ đất, nước, đáy biển hoặc dưới đáy biển của một nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó; các sản phẩm lấy từ nước, đáy biển hoặc dưới đáy biển bên ngoài lãnh hải của một nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ, với Điều kiện nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó có quyền khai thác đối với vùng nước, đáy biển và dưới đáy biển theo luật pháp quốc tế; các sản phẩm đánh bắt và các hải sản khác đánh bắt từ vùng biển cả bằng tàu được đăng ký ở nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó và được phép treo cờ của nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó và các sản phẩm được chế biến hoặc được sản xuất ngay trên tàu từ các sản phẩm này  được đăng ký ở nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó và được phép treo cờ của nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó; các vật phẩm thu được trong quá trình sản xuất hoặc tiêu dùng ở nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó hiện không còn thực hiện được chức năng ban đầu, không thể sửa chữa hay khôi phục được và chỉ có thể vứt bỏ hoặc dùng làm các nguyên liệu, vật liệu thô, hoặc sử dụng vào Mục đích tái chế; các hàng hóa thu được hoặc được sản xuất từ các sản phẩm trên đây tại nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ đó.

Hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu được coi là có xuất xứ không thuần túy hoặc không được sản xuất toàn bộ tại một nước, nhóm nước, hoặc vùng lãnh thổ nếu đáp ứng tiêu chí xuất xứ thuộc Danh Mục Quy tắc cụ thể mặt hàng quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư được xác định như sau: Tiêu chí “Chuyển đổi mã số hàng hóa” (sau đây gọi tắt là CTC): là sự thay đổi về mã HS của hàng hóa ở cấp 2 (hai) số, 4 (bốn) số hoặc 6 (sáu) số so với mã HS của nguyên liệu đầu vào không có xuất xứ (bao gồm nguyên liệu nhập khẩu và nguyên liệu không xác định được xuất xứ) dùng để sản xuất ra hàng hóa đó; tiêu chí “Tỷ lệ Phần trăm giá trị” (sau đây gọi tắt là LVC): được tính theo công thức trực tiếp hoặc gián tiếp.

Nhà sản xuất hoặc thương nhân đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) lựa chọn công thức trực tiếp hoặc công thức gián tiếp để tính LVC và thống nhất áp dụng công thức đã lựa chọn trong suốt năm tài chính đó. Việc kiểm tra, xác minh tiêu chí LVC đối với hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam cần dựa trên công thức tính LVC mà nhà sản xuất hoặc thương nhân đề nghị cấp C/O đã sử dụng. Nhà sản xuất hoặc thương nhân đề nghị cấp C/O lựa chọn tiêu chí xuất xứ để kê khai, cam kết xuất xứ phù hợp với bản chất hàng hóa được sản xuất ra với điều kiện hàng hóa đáp ứng tiêu chí xuất xứ đó và các quy định khác.