Nghị định quy định về hành vi, hình thức xử phạt, mức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả đối với hành vi vi phạm hành chính, thẩm quyền xử phạt và thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật. 
Theo đó, mức phạt tiền tối đa trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với cá nhân là 50.000.000 đồng, đối với tổ chức là 100.000.000 đồng.
Mức xử phạt đối với một số hành vi vi phạm cụ thể được quy định như sau:
Hành vi vi phạm sản xuất hạt giống cây trồng không theo đúng quy trình sản xuất từng cấp giống cây trồng đã quy định sẽ bị phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng.
Các hành vi như nhân giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm, cây lâm nghiệp bằng phương pháp vô tính không từ cây đầu dòng hoặc từ vườn cây đầu dòng đã được bình tuyển và công nhận; sản xuất giống cây lâm nghiệp chính không sử dụng vật liệu nhân giống từ cây mẹ, vườn cây đầu dòng, vườn giống hoặc rừng giống đã qua bình tuyển và được công nhận sẽ bị phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng.
Đối với hành vi vi phạm sản xuất nhằm mục đích thương mại giống cây trồng không có tên trong Danh mục giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam hoặc chưa được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công nhận giống cây trồng mới hoặc không có văn bản chấp thuận cho phép sản xuất của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ bị phạt tiền từ 40.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng, ngoài ra sẽ bị tịch thu giống cây trồng hoặc thu hồi chuyển mục đích sử dụng hạt giống hoặc buộc tiêu hủy hạt giống đó.
Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với người trực tiếp làm dịch vụ bảo vệ thực vật không có trình độ chuyên môn về bảo vệ thực vật theo quy định của pháp luật hoặc cố ý không chấp hành các biện pháp phòng chống sinh vật gây hại tài nguyên thực vật theo yêu cầu và hướng dẫn của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với một trong các hành vi như đưa ra khỏi vùng dịch thực vật và sản phẩm thực vật nhiễm dịch hại đã được công bố dịch nhưng chưa được xử lý; không bố trí người, phương tiện phục vụ việc kiểm tra vật thể kiểm dịch khi cơ quan bảo vệ và kiểm dịch thực vật yêu cầu mà không có lý do xác đáng.
Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 6.000.000 đồng đối với một trong các hành vi: vận chuyển, sử dụng giống cây và vật liệu làm giống bị nhiễm dịch hại đang được công bố dịch từ vùng dịch sang các vùng khác; nhập khẩu, vận chuyển, nhân nuôi, lưu giữ, phóng thích dịch hại nguy hiểm đối với tài nguyên thực vật mà không được Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho phép bằng văn bản.
Hành vi vi phạm sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng với nội dung hướng dẫn sử dụng ghi trên nhãn, bao gói sẽ bị phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng.
Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không có tên trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng và hạn chế sử dụng ở Việt Nam; sử dụng thuốc bảo vệ thực vật dưới dạng ống tiêm thủy tinh.
Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng ở Việt Nam; thuốc bảo vệ thực vật không đúng nội dung hướng dẫn ghi trên bao gói gây nguy hiểm cho người, gia súc và làm ô nhiễm môi trường; Buộc tiêu hủy thuốc và thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường đối với hành vi vi phạm.
Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật là 01 năm. Các hành vi vi phạm hành chính về sở hữu trí tuệ đối với giống cây trồng; sản xuất, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh giống cây trồng, thuốc bảo vệ thực vật, thực vật, sản phẩm thực vật thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là 02 năm.