Thông tư quy định rõ một số nguyên tắc khi thực hiện cổ phần hóa doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước. Theo đó, khi thực hiện cổ phần hóa công ty mẹ, công ty con do công ty mẹ sở hữu 100% vốn điều lệ phải thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp theo quy định tại thông tư này. Thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp của công ty con phải trùng với thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp của công ty mẹ.

Cơ quan có thẩm quyền quyết định thực hiện cổ phần hóa doanh nghiệp, quyết định công bố giá trị doanh nghiệp, quyết định phê duyệt phương án cổ phần hóa doanh nghiệp, quyết định phê duyệt phương án tái cơ cấu doanh nghiệp, quyết định phê duyệt quyết toán tài chính, quyết toán chi phí cổ phần hóa, quyết toán kinh phí hỗ trợ cho người lao động dôi dư, quyết toán số tiền thu từ cổ phần hóa và công bố giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại thời điểm công ty cổ phần được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cổ phần lần đầu theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 49 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP.

Cơ quan quyết định cổ phần hóa phê duyệt các khoản chi phí cổ phần hóa doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư số 196/2011/TT-BTC  của Bộ Tài chính hướng dẫn bán cổ phần lần đầu và quản lý, sử dụng tiền thu từ cổ phần hóa của các doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thực hiện chuyển đổi thành công ty cổ phần. Trường hợp cổ phần hóa các công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do công ty mẹ của các tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước, công ty mẹ thuộc tổ hợp công ty mẹ - công ty con nắm giữ 100% vốn điều lệ mà dự toán chi phí cổ phần hóa vượt mức quy định tại khoản 4, Điều 12 Thông tư số 196/2011/TT-BTC thì Ban chỉ đạo cổ phần hóa chỉ đạo doanh nghiệp cổ phần hóa lập dự toán chi phí, báo cáo cơ quan có thẩm quyền xem xét, phê duyệt trong phương án cổ phần hóa, đồng gửi Bộ Tài chính để thực hiện giám sát.

Thông tư cũng nêu rõ, trước khi thực hiện cổ phần hóa, doanh nghiệp cổ phần hóa phải thực hiện kiểm kê, xử lý tài chính và xác định lại giá trị doanh nghiệp, giá trị phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp theo quy định của pháp luật hiện hành. Nhà nước không cấp thêm vốn để cổ phần hóa, kể cả các doanh nghiệp theo quy định của Thủ tướng chính phủ về ban hành tiêu chí, danh mục, phân loại doanh nghiệp nhà nước khi thực hiện cổ phần hóa thuộc diện nhà nước nắm giữ trên 50% tổng số cổ phần.

Sau khi đã được xử lý tài chính và thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp mà không còn vốn nhà nước tại doanh nghiệp hoặc giá trị thực tế doanh nghiệp thấp hơn các khoản nợ phải trả, thì cơ quan có thẩm quyền quyết định cổ phần hóa chỉ đạo doanh nghiệp phối hợp với Công ty mua bán nợ Việt Nam và các chủ nợ của doanh nghiệp xây dựng phương án tái cơ cấu doanh nghiệp để chuyển doanh nghiệp thành công ty cổ phần. Trong trường hợp phương án tái cơ cấu không khả thi, không có hiệu quả thì áp dụng hình thức giải thể, phá sản hoặc hình thức sắp xếp khác phù hợp theo quy định của pháp luật.

Quá trình xử lý tài chính và xác định giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa phải đảm bảo chặt chẽ, công khai, minh bạch, không làm thất thoát vốn, tài sản của Nhà nước. Các tổ chức, cá nhân có liên quan khi thực hiện xử lý tài chính và xác định giá trị doanh nghiệp không chấp hành đúng chế độ quy định, gây ra tổn thất hoặc thất thoát tài sản nhà nước thì tổ chức, cá nhân đó chịu trách nhiệm hành chính, bồi thường vật chất hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

Kết quả xác định giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa, giá trị thực tế phần vốn nhà nước đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt là cơ sở để doanh nghiệp cổ phần hóa xác định vốn điều lệ, xây dựng phương án cổ phần hóa và tổ chức bán cổ phần lần đầu, tổ chức đại hội đồng cổ đông, tiếp tục xử lý những vấn đề tài chính còn tồn tại đến thời điểm chính thức chuyển thành công ty cổ phần, quyết toán tài chính quá trình cổ phần hóa với nhà nước và bàn giao cho công ty cổ phần.

Đến thời điểm Thông tư này có hiệu lực, các doanh nghiệp cổ phần hóa đã thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp và đã có quyết định công bố giá trị doanh nghiệp của cơ quan có thẩm quyền thì được giữ nguyên giá trị doanh nghiệp đã công bố và thực hiện điều chỉnh theo nội dung tại Thông tư này khi thực hiện quyết toán, xác định giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần.