Theo đó, Nghị định quy định, hoạt động kinh doanh khai thác cảng biển phải đảm bảo 3 nguyên tắc: Doanh nghiệp cảng chỉ được kinh doanh khai thác cảng biển khi đã được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh khai thác cảng biển theo quy định; doanh nghiệp cảng phải kinh doanh khai thác cảng biển theo đúng mục đích và công năng của cảng biển đã được công bố; doanh nghiệp cảng phải duy trì đầy đủ các điều kiện quy định tại Nghị định này và các quy định khác có liên quan của pháp luật trong thời gian kinh doanh khai thác cảng biển.

Nghị định quy định điều kiện kinh doanh khai thác cảng biển như sau:

- Doanh nghiệp cảng phải được thành lập theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp cảng là doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tham gia kinh doanh dịch vụ bốc dỡ hàng hóa thì thành lập công ty liên doanh theo tỷ lệ vốn góp của nhà đầu tư nước ngoài do Nhà nước quy định.

- Phải đáp ứng điều kiện về tổ chức bộ máy và nhân lực. Phải có bộ phận quản lý hoạt động kinh doanh khai thác cảng biển; có bộ phận quản lý an ninh hàng hải theo quy định; có bộ phận hoặc người làm công tác an toàn, vệ sinh lao động theo quy định. Người phụ trách bộ phận quản lý hoạt động kinh doanh khai thác cảng biển phải tốt nghiệp đại học trở lên thuộc một trong các chuyên ngành hàng hải, kinh tế hoặc thương mại và có kinh nghiệm trong lĩnh vực kinh doanh, khai thác cảng biển 05 năm trở lên; cán bộ an ninh cảng biển được đào tạo, huấn luyện và cấp chứng chỉ theo quy định của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải phù hợp với Bộ luật quốc tế về an ninh tàu biển và bến cảng; người phụ trách về an toàn, vệ sinh lao động của cảng biển phải được đào tạo, tập huấn và được cấp chứng nhận về phòng chống cháy, chữa cháy; an toàn vệ sinh lao động theo quy định.

- Phải đáp ứng các điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị (như kho, bãi, trang thiết bị cần thiết phù hợp theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia đối với cảng biển; có đầy đủ các trang thiết bị bốc xếp, thiết bị chuyên dùng, phương tiện vận chuyển và các trang thiết bị cần thiết khác đáp ứng yêu cầu của hoạt động bốc, dỡ hàng hóa và phù hợp với công năng, mục đích hoạt động của cảng biển đã được công bố).

Ngoài ra, phải đáp ứng các điều kiện về an toàn, vệ sinh lao động, phòng, chống cháy, nổ; điều kiện về bảo vệ môi trường (cụ thể như có đủ các phương tiện tiếp nhận, thu hồi các chất thải từ tàu thuyền khi hoạt động tại cảng biển để xử lý theo quy định; có đủ các hồ sơ về bảo vệ môi trường đối với cảng biển đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; đảm bảo có đầy đủ nhân lực, hệ thống, công trình, thiết bị quản lý và xử lý chất thải phát sinh tại khu vực cảng biển theo quy định của Luật bảo vệ môi trường).

Doanh nghiệp cảng đề nghị cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh khai thác cảng biển phải gửi 1 bộ hồ sơ trực tiếp hoặc gửi bằng các hình thức phù hợp khác đến Cục Hàng hải Việt Nam.

Cục Hàng hải Việt Nam tiếp nhận hồ sơ; trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, Cục Hàng hải Việt Nam hướng dẫn doanh nghiệp hoàn thiện hồ sơ theo quy định; nếu hồ sơ hợp lệ thì cấp giấy biên nhận hồ sơ.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cục Hàng hải Việt Nam tổ chức thẩm tra, cấp Giấy chứng nhận và trả kết quả trực tiếp cho doanh nghiệp hoặc gửi qua hệ thống bưu chính. Trường hợp không cấp Giấy chứng nhận, Cục Hàng hải Việt Nam phải có văn bản trả lời và nêu rõ lý do.

Ngoài ra, Nghị định cũng quy định doanh nghiệp cảng bị thu hồi Giấy chứng nhận trong các trường hợp sau: Doanh nghiệp cảng đã vi phạm điều kiện kinh doanh theo quy định hoặc theo đề nghị của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền nếu đã chứng minh doanh nghiệp cảng có vi phạm pháp luật đến mức phải thu hồi Giấy chứng nhận; Doanh nghiệp cảng cố ý cung cấp sai lệch thông tin khi thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận;  các trường hợp khác theo quy định của pháp luật.