Theo đó, Quyết định quy định về quy trình cấp giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan và nhập khẩu theo hạn ngạch như sau:

1. Trình tự, thủ tục cấp giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan

- Liên doanh gửi kế hoạch sản xuất hàng năm tới Bộ Công Thương, trong đó có ghi rõ:

+ Chủng loại và số lượng xe dự kiến sản xuất;

+  Danh sách chi tiết của các linh kiện trong các bộ SKD (Bộ SKD là một bộ phụ tùng và linh kiện được liên doanh nhập khẩu vào lãnh thổ Việt Nam và cần thiết cho lắp ráp công nghiệp các phương tiện vận tải có động cơ dạng SKD, trừ các phụ tùng và linh kiện được sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam);

+ Các dòng thuế tương ứng với các phương tiện vận tải có động cơ và bộ SKD dự kiến nhập khẩu ở cấp độ 8 chữ số theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu hiện hành của Việt Nam;

+ Lộ trình đạt tỷ lệ nội địa hóa theo mức cam kết;

+ Dự kiến thực hiện thỏa thuận về chuyển giao công nghệ, đào tạo nguồn nhân lực.

-Trong vòng 30 ngày kể từ khi nhận được kế hoạch sản xuất do liên doanh gửi, Bộ Công Thương thông báo về kết quả phê duyệt kế hoạch sản xuất này. Trong trường hợp cần làm rõ hoặc bổ sung thông tin về kế hoạch sản xuất, Bộ Công Thương thông báo cho liên doanh yêu cầu cụ thể về những thông tin bổ sung cần cung cấp.Trong vòng 10 ngày kể từ khi nhận được thông tin bổ sung cho kế hoạch sản xuất do liên doanh gửi, Bộ Công Thương thông báo về kết quả phê duyệt hoặc từ chối kế hoạch này.

- Trên cơ sở kế hoạch sản xuất hàng năm của liên doanh được Bộ Công Thương phê duyệt và phân bổ hạn ngạch thuế quan của Bộ Công Thương Liên bang Nga, các liên doanh gửi hồ sơ đến Bộ Công Thương đề nghị cấp giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan để nhập khẩu các phương tiện vận tải có động cơ và/hoặc bộ SKD, kèm theo Chứng nhận xuất xứ hàng hóa mẫu EAV được cơ quan có thẩm quyền của Liên bang Nga cấp phù hợp với quy định tại Nghị định thư. Trong đơn ghi rõ:

+ Số lượng đăng ký đối với tất cả các dòng xe, thời gian nhập khẩu dự kiến;

+ Các dòng thuế ở cấp độ 8 chữ số theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu hiện hành của Việt Nam, phù hợp với kế hoạch sản xuất đã được phê duyệt (có trừ các phụ tùng và linh kiện của các phương tiện vận tải có động cơ được sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam).

-Bộ Công Thương cấp giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan nhập khẩu, căn cứ vào kế hoạch sản xuất và yêu cầu nhập khẩu cụ thể của liên doanh trong vòng 14 ngày kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ yêu cầu của liên doanh. Giấy phép này có thể được cấp với thời hạn đến ngày 31 tháng 12 hàng năm.

2. Căn cứ vào giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan do Bộ Công Thương cấp và quy định của pháp luật Việt Nam, cơ quan hải quan tại các cửa khẩu nơi làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa, sẽ xem xét cho thông quan lô hàng nhập khẩu theo nguyên tắc trừ lùi tự động cho đến hết số lượng hạn ngạch thuế quan đối với từng mặt hàng trong giấy phép.

3.  Giấy phép nhập khẩu theo hạn ngạch có thể bị thu hồi nếu liên doanh bị phát hiện vi phạm một trong các trường hợp sau:

- Liên doanh không hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam.

- Liên doanh không đạt được yêu cầu về tỷ lệ nội địa hóa trong vòng 10 năm kể từ khi Nghị định thư có hiệu lực theo cam kết tại khoản 6 Điều 4 Quyết định này.

- Các doanh nghiệp được ủy quyền của Nga chuyển nhượng vốn trong liên doanh cho bên thứ ba của một nước thứ ba.

- Liên doanh không thực hiện nghĩa vụ của mình trong các thỏa thuận liên quan đến chuyển giao công nghệ.

- Liên doanh không triển khai các hoạt động cụ thể để đóng góp vào sự phát triển của ngành công nghiệp sản xuất phụ tùng ô tô Việt Nam; phát triển hệ thông dịch vụ bảo dưỡng và sửa chữa ô tô; đào tạo tay nghề kỹ thuật cho lao động địa phương và hỗ trợ các phương tiện vận tải có động cơ, bộ SKD do liên doanh sản xuất thâm nhập vào thị trường các nước khác, bao gồm cả Liên minh Kinh tế Á - Âu.

4. Bộ Công Thương chủ trì việc xem xét, đánh giá đề nghị của phía Nga (Bộ Công Thương Liên bang Nga) về việc bổ sung hoặc thay thế doanh nghiệp được ủy quyền dựa trên các tiêu chí được quy định trong Nghị định thư và có xác nhận với phía Nga về việc các doanh nghiệp được ủy quyền đủ điều kiện trong vòng 28 ngày kể từ khi nhận được yêu cầu và các tài liệu cần thiết.