Theo đó, trình tự kiểm tra Nhà nước đối với thực phẩm nhập khẩu được quy định như sau:

- Trước hoặc khi hàng về đến cửa khẩu, chủ hàng nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra tại Cơ quan kiểm tra hoặc Cổng thông tin điện tử Cơ chế một cửa quốc gia khi có quyết định áp dụng của Bộ Y tế.

- Trong vòng 01 (một) ngày làm việc, kể từ thời điểm nhận được hồ sơ đăng ký kiểm tra, cơ quan kiểm tra tiến hành xem xét hồ sơ đăng ký kiểm tra. Trường hợp hồ sơ đầy đủ theo quy định, việc kiểm tra được tiến hành. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, cơ quan kiểm tra phải có văn bản trả hồ sơ đăng ký kiểm tra, trong đó phải thông báo cụ thể cho chủ hàng về các giấy tờ bị thiếu hoặc không phù hợp với yêu cầu.

- Việc kiểm tra đối với lô hàng hoặc mặt hàng thuộc diện kiểm tra giảm được thực hiện như sau: Trong thời gian tối đa 02 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm nhận được hồ sơ đăng ký đầy đủ, cơ quan kiểm tra có trách nhiệm cấp Thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt hoặc không đạt yêu cầu nhập khẩu.

- Việc kiểm tra đối với lô hàng hoặc mặt hàng thuộc diện kiểm tra theo phương thức thông thường và phương thức kiểm tra chặt được thực hiện như sau: Trong thời gian tối đa 02 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm nhận được hồ sơ đăng ký đầy đủ, cơ quan kiểm tra có trách nhiệm lấy mẫu để thực hiện kiểm tra đối với trường hợp lô hàng đã về đến cửa khẩu tại thời điểm chủ hàng nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra. Trường hợp lô hàng chưa về đến cửa khẩu tại thời điểm chủ hàng nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra thì thời điểm lấy mẫu tối đa là 02 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm nhận được thông báo bằng văn bản của chủ hàng về việc lô hàng đã về đến cửa khẩu.

Trong thời gian 06 (sáu) ngày làm việc đối với mặt hàng thuộc diện kiểm tra thông thường và 08 (tám) ngày làm việc đối với mặt hàng thuộc diện kiểm tra chặt, cơ quan kiểm tra có trách nhiệm: Tổ chức việc kiểm tra dựa trên Hồ sơ công bố hợp quy hoặc công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm và các quy định, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia của Việt Nam và quốc tế về chất lượng, an toàn thực phẩm, ghi nhãn hàng hóa; cấp Thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt hoặc không đạt yêu cầu nhập khẩu.

- Trường hợp mặt hàng không đạt yêu cầu nhập khẩu thì cơ quan kiểm tra phải ghi rõ các biện pháp xử lý, đề xuất trong thông báo kết quả xác nhận thực phẩm không đạt yêu cầu nhập khẩu, sau đó thông báo cho chủ hàng và chuyển ngay toàn bộ hồ sơ đến Cục An toàn thực phẩm - Bộ Y tế.

- Trong thời hạn tối đa là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ khi nhận được thông báo kết quả xác nhận thực phẩm không đạt yêu cầu nhập khẩu, chủ hàng có thể đề nghị cơ quan kiểm tra xem xét lại kết quả đã kiểm tra và biện pháp xử lý lô hàng hoặc tiến hành kiểm tra lại.

-. Trong thời hạn tối đa 05 (năm) ngày làm việc, kể từ khi nhận được đề xuất của chủ hàng về biện pháp xử lý lô hàng hoặc mặt hàng và toàn bộ hồ sơ của cơ quan kiểm tra, Cục An toàn thực phẩm - Bộ Y tế sẽ ra công văn quyết định hình thức xử lý đối với các mặt hàng không đạt yêu cầu nhập khẩu.