Tại Điều 39 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP quy định về thời hạn tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính “Trong thời hạn 60 ngày, kể từ ngày cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 4 Điều 38 Nghị định này quyết định giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính, các Bộ, cơ quan trung ương chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập thuộc trung ương quản lý; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập thuộc địa phương quản lý”.

Tuy nhiên, tại  khoản 4 Điều 1 Nghị định số 04/2016/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung như sau “Trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại Khoản 6 Điều 38 Nghị định này quyết định giao tài sản cho đơn vị sự nghiệp công lập theo cơ chế giao vốn cho doanh nghiệp, các Bộ, cơ quan trung ương tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập thuộc trung ương quản lý và sao gửi Bộ Tài chính biên bản bàn giao tài sản nhà nước để theo dõi; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập thuộc phạm vi quản lý của cấp tỉnh; Ủy ban nhân dân cấp huyện tổ chức giao tài sản nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập thuộc phạm vi quản lý của cấp huyện”.

Tại Điều 45 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP quy định khấu hao tài sản cố định tại đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính “Toàn bộ tài sản cố định tại đơn vị được trích khấu hao theo chế độ áp dụng đối với doanh nghiệp nhà nước. Chi phí khấu hao tài sản cố định của Nhà nước phải được phân bổ cho từng hoạt động sự nghiệp, hoạt động sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê để hạch toán chi phí cung cấp dịch vụ công, chi phí sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê”.

 Tuy nhiên, tại  khoản 5 Điều 1 Nghị định số 04/2016/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung Điều 45 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP như sau “Đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính có quyết định của cấp có thẩm quyền cho phép vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp hoặc thuộc đối tượng phải tính đủ khấu hao tài sản cố định vào giá dịch vụ sự nghiệp công theo lộ trình quy định tại Điều 10 Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện quản lý, sử dụng, trích khấu hao tài sản cố định theo quy định.

Đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính còn lại phải trích khấu hao đối với tài sản cố định sử dụng vào hoạt động sản xuất, kinh doanh dịch vụ, liên doanh, liên kết mà không hình thành pháp nhân mới hoặc cho thuê theo quy định của pháp luật.

Phạm vi tài sản cố định thực hiện trích khấu hao bao gồm: Tài sản cố định được sử dụng toàn bộ thời gian vào hoạt động sản xuất, kinh doanh dịch vụ, liên doanh, liên kết; tài sản cố định vừa sử dụng vào hoạt động sản xuất, kinh doanh dịch vụ, liên doanh, liên kết; vừa sử dụng vào hoạt động theo chức năng nhiệm vụ của đơn vị”.