Cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế là Bảo hiểm xã hội Việt Nam và Bảo hiểm xã hội tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đây viết tắt là Bảo hiểm xã hội cấp tỉnh).

Bảo hiểm xã hội Việt Nam có nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể như sau: Hằng năm, căn cứ Định hướng chương trình thanh tra của Thanh tra Chính phủ, của các cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế, Bảo hiểm xã hội Việt Nam xây dựng, phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế; gửi kế hoạch thanh tra để báo cáo Thanh tra Chính phủ và các cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế. Thanh tra những vụ việc khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế hoặc khi được người đứng đầu cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế giao. Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý sau thanh tra của Bảo hiểm xã hội Việt Nam và Bảo hiểm xã hội cấp tỉnh. Tổng hợp, báo cáo kết quả công tác thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế theo quy định của pháp luật thanh tra với các cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế. Các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.

Đối với Bảo hiểm xã hội cấp tỉnh, hằng năm, căn cứ Định hướng chương trình thanh tra của Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Thanh tra cấp tỉnh, cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế tại địa phương, Bảo hiểm xã hội cấp tỉnh xây dựng, phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế trên địa bàn tỉnh; gửi kế hoạch thanh tra để báo cáo Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Thanh tra cấp tỉnh và cơ quan quản lý nhà nước về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế trên địa bàn tỉnh. Thanh tra những vụ việc khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế hoặc khi được người đứng đầu cơ quan giao theo quy định. Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý sau thanh tra về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế của Bảo hiểm xã hội cấp tỉnh. Tổng hợp, báo cáo kết quả công tác thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế theo quy định của pháp luật thanh tra với các cơ quan theo quy định. Các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.

Nội dung thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế  gồm: Đối tượng đóng, mức đóng và phương thức đóng.

Kinh phí hoạt động của cơ quan bảo hiểm xã hội trong việc thực hiện chức năng này được bố trí trong dự toán chi phí quản lý bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế theo quy định của pháp luật về quản lý tài chính đối với Bảo hiểm xã hội Việt Nam. Cơ quan bảo hiểm xã hội được trích một phần khoản phạt lãi chậm nộp phát hiện qua thanh tra để hỗ trợ nâng cao năng lực hoạt động thanh tra, tăng cường cơ sở vật chất và khen thưởng, động viên tổ chức, cá nhân có thành tích trong công tác thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế. Việc trích kinh phí trên thực hiện theo quy định của pháp luật.