Theo đó, Thông tư quy định chi tiết về hồ sơ đề nghị cấp giấy phép xây dựng, điều chỉnh giấy phép xây dựng, gia hạn giấy phép xây dựng; giấy phép xây dựng có thời hạn; quy trình và thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng.

Cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng căn cứ các điều kiện quy định tại các Điều 91, 92, 93, 94 Luật Xây dựng năm 2014 để xem xét cấp giấy phép xây dựng theo quy định. Quy trình cấp, điều chỉnh, gia hạn, cấp lại giấy phép xây dựng được thực hiện theo quy định tại Điều 102 của Luật Xây dựng năm 2014. Thẩm quyền cấp, điều chỉnh, gia hạn, cấp lại và thu hồi giấy phép xây dựng như sau:

- Bộ Xây dựng cấp giấy phép xây dựng đối với công trình cấp đặc biệt;

- Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phân cấp cho Sở Xây dựng cấp giấy phép xây dựng đối với các công trình xây dựng cấp I, cấp II; công trình tôn giáo, công trình di tích lịch sử - văn hóa, công trình tượng đài, tranh hoành tráng đã được xếp hạng thuộc địa giới hành chính do mình quản lý; những công trình trên các tuyến, trục đường phố chính trong đô thị theo quy định của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; công trình thuộc dự án có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài; công trình thuộc dự án và các công trình khác do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phân cấp.

- Ủy ban nhân dân cấp huyện cấp giấy phép xây dựng các công trình còn lại và nhà ở riêng lẻ ở đô thị, bao gồm cả nhà ở riêng lẻ trong khu vực đã được Nhà nước công nhận bảo tồn thuộc địa giới hành chính do mình quản lý, trừ các đối tượng thuộc thẩm quyền của Bộ Xây dựng và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. 

- Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có thể phân cấp cho Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu công nghệ cao; Ban quản lý các khu đô thị cấp giấy phép xây dựng cho các công trình thuộc phạm vi quản lý của các cơ quan này, trừ các công trình thuộc thẩm quyền của Bộ Xây dựng.

Công trình do cơ quan nào cấp giấy phép xây dựng thì cơ quan đó điều chỉnh, gia hạn, cấp lại và thu hồi giấy phép xây dựng do mình cấp. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định thu hồi giấy phép xây dựng do cấp dưới cấp không đúng quy định. Trường hợp đề nghị cấp giấy phép xây dựng cho dự án mà dự án đầu tư xây dựng gồm nhiều công trình có loại và cấp khác nhau thì cơ quan thực hiện cấp giấy phép xây dựng công trình cấp cao nhất có trách nhiệm cấp giấy phép xây dựng các công trình còn lại thuộc dự án.  

Ngoài ra, Thông tư nêu rõ việc thực hiện đối với các trường hợp thuộc giai đoạn chuyển tiếp khi thực hiện Luật Xây dựng năm 2014, cụ thể:

- Công trình theo quy định của pháp luật về xây dựng trước thời điểm Luật Xây dựng năm 2014 có hiệu lực (ngày 01/01/2015) thuộc đối tượng không phải có giấy phép xây dựng nhưng theo quy định của Luật Xây dựng năm 2014 thuộc đối tượng phải có giấy phép xây dựng, nếu đã khởi công xây dựng trước ngày 01/01/2015 thì được tiếp tục xây dựng mà không phải đề nghị cấp giấy phép xây dựng, nếu chưa khởi công xây dựng thì chủ đầu tư phải đề nghị cấp giấy phép xây dựng theo quy định của Luật Xây dựng năm 2014, Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng và hướng dẫn của Thông tư này.

- Trường hợp công trình nêu trên đã khởi công xây dựng trước ngày 01/01/2015 nếu có điều chỉnh thiết kế thì chủ đầu tư chỉ cần trình cơ quan chuyên môn về xây dựng thẩm định phần thiết kế điều chỉnh trước khi xây dựng theo thiết kế điều chỉnh. Đối với nhà ở riêng lẻ không thuộc đối tượng yêu cầu phải do cơ quan chuyên môn về xây dựng thẩm định thiết kế thì chủ đầu tư trình phần thiết kế điều chỉnh tới cơ quan cấp giấy phép xây dựng theo phân cấp để được xem xét chấp thuận hoặc xem xét điều chỉnh giấy phép xây dựng.

- Việc điều chỉnh, cấp lại, gia hạn, thu hồi giấy phép xây dựng đối với công trình đã được cấp giấy phép xây dựng trước ngày Luật Xây dựng năm 2014 có hiệu lực được thực hiện theo quy định của Thông tư này. Thẩm quyền điều chỉnh, cấp lại, gia hạn, thu hồi giấy phép xây dựng do cơ quan đã cấp giấy phép xây dựng thực hiện.

- Đối với nhà ở riêng lẻ thuộc dự án phát triển đô thị và dự án phát triển nhà ở đã được xây dựng trước ngày 01/01/2015 có điều chỉnh thiết kế so với thiết kế mẫu, thiết kế điển hình của dự án đã được phê duyệt nhưng vẫn đảm bảo các chỉ tiêu về quy hoạch xây dựng đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì không phải điều chỉnh giấy phép xây dựng (đối với trường hợp đã có giấy phép xây dựng) hoặc được công nhận để thực hiện giao dịch, đăng ký sở hữu theo quy định của pháp luật.

- Công trình đã được cấp giấy phép xây dựng trước khi Luật Xây dựng năm 2014 có hiệu lực, nhưng theo quy định của Luật Xây dựng năm 2014 thuộc đối tượng miễn giấy phép xây dựng nếu có điều chỉnh thiết kế làm thay đổi nội dung giấy phép xây dựng đã được cấp thì lập hồ sơ đề nghị điều chỉnh giấy phép xây dựng theo quy định của Thông tư này.