Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 4 năm 2015. Riêng điểm đ.2 khoản 1, điểm đ khoản 4 Điều 42; khoản 4, khoản 7, khoản 8 Điều 133; Điều 135 có hiệu lực thi hành kể từ ngày Luật số 71/2014/QH13 về sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế có hiệu lực (từ ngày 01/01/2015).

Theo đó,  người khai hải quan, người nộp thuế có quyền và nghĩa vụ như sau: Ngoài các quyền và nghĩa vụ theo quy định tại Điều 18 Luật Hải quan; Điều 6, Điều 7, Điều 30 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 3, khoản 4 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Điều 5 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP, người khai hải quan, người nộp thuế có trách nhiệm trong việc khai hải quan, khai bổ sung và sử dụng hàng hóa theo mục đích kê khai như sau:

- Tự kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực các tiêu chí trên tờ khai hải quan và các chứng từ phải nộp, phải xuất trình theo quy định của pháp luật, các yếu tố làm căn cứ, liên quan đến tính thuế hoặc miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường (trừ việc kê khai thuế suất, số tiền thuế phải nộp đối với hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế);

- Tự xác định, chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai số tiền thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế hoặc không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường theo đúng quy định của pháp luật; kê khai số tiền thuế phải nộp trên giấy nộp tiền theo quy định của Bộ Tài chính về thu, nộp thuế và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;

- Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu kê khai thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường hoặc miễn thuế, xét miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hoặc áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt, mức thuế theo hạn ngạch thuế quan và đã được xử lý theo kê khai nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế, xét miễn thuế, áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt, mức thuế theo hạn ngạch thuế quan; hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu và hàng hóa tạm nhập - tái xuất chuyển tiêu thụ nội địa thì người nộp thuế phải thực hiện khai hải quan đối với hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa theo quy định tại Điều 21 Thông tư này;

- Cử người đại diện khi làm thủ tục hải quan và các thủ tục hành chính khác với cơ quan hải quan.

Thông cũng quy định về thực hiện thủ tục hải quan ngoài giờ làm việc, ngày nghỉ, ngày lễ. Theo đó, cơ quan hải quan sẽ thực hiện thủ tục hải quan vào ngày nghỉ, ngày lễ và ngoài giờ làm việc để đảm bảo kịp thời việc xếp dỡ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc xuất cảnh, nhập cảnh của người, phương tiện vận tải hoặc trên cơ sở thông báo trước qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc bằng văn bản (có thể bằng bản fax) của người khai hải quan; trong đó, thông báo phải được gửi đến cơ quan hải quan trong giờ làm việc theo đúng quy định. Đặc biệt, khi đang kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa mà hết giờ làm việc, cơ quan hải quan phải thực hiện kiểm tra tiếp cho đến khi hoàn thành mà không được yêu cầu người khai hải quan làm văn bản đề nghị.

Đối với việc sử dụng chữ ký số trong thực hiện thủ tục hải quan điện tử, Thông tư quy định: Chữ ký số sử dụng trong thủ tục hải quan điện tử của người khai hải quan phải thỏa mãn các điều kiện sau: Là chữ ký số tương ứng với chứng thư số được tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số nước ngoài được công nhận theo quy định tại Nghị định số 170/2013/NĐ-CP cung cấp; Tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số này phải thuộc danh sách tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số đã được cơ quan hải quan xác nhận tương thích với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và đăng tải trên Cổng thông tin điện tử hải quan.

Ngoài ra, Thông tư còn hướng dẫn cụ thể việc thực hiện các thủ tục hải quan liên quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế  đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu; kiểm tra, giám sát hỉa quan đối với hàng hóa gia công cho thương nhân nước ngoài; hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu…