Trong đó, nội dung kiểm tra về trị giá tính thuế hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu được quy định như sau:
Về nội dung kiểm tra trị giá hàng hóa xuất khẩu:
Một là, so sánh mức giá khai báo với: Mức giá tham chiếu tại Danh mục hàng hóa xuất khẩu rủi ro về trị giá. Mức giá tính thuế của mặt hàng giống hệt, tương tự tại tờ khai xuất khẩu gần nhất so với ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu của hàng hóa đang xác định trị giá đối với hàng hóa trong Danh mục hàng hóa xuất khẩu rủi ro về trị giá; không so sánh với những lô hàng đang trong diện có dấu hiệu nghi vấn về mức giá.
Trường hợp tại cùng thời điểm xác định được từ hai mức giá tính thuế của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự trở lên thì so sánh mức giá khai báo với mức giá tính thuế thấp nhất của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự sau khi đã được quy đổi về cùng điều kiện mua bán.
Hai là, kiểm tra tính phù hợp các nội dung của hợp đồng mua bán hàng hóa.
Ba là, kiểm tra sự phù hợp về nội dung giữa hợp đồng mua bán hàng hóa và các chứng từ trong hồ sơ hải quan.
Về nội dung kiểm tra trị giá hàng hóa nhập khẩu:
Một là, kiểm tra nội dung khai báo: Kiểm tra toàn bộ các tiêu chí ghi trên tờ khai hải quan nhập khẩu, tờ khai trị giá do người nhập khẩu khai báo, trong đó cần chú ý các tiêu chí sau: (1) Tên hàng phải đầy đủ, chi tiết ký mã hiệu, nhãn hiệu, xuất xứ hàng hóa, phù hợp với các tiêu chí trên tờ khai trị giá; (2) Đơn vị tính: Phải được định lượng rõ ràng theo đơn vị đo lường phù hợp với tính chất loại hàng (như: m, kg), trường hợp không định lượng được rõ ràng (như: thùng, hộp) thì phải tiến hành quy đổi tương đương (như: thùng có bao nhiêu hộp, mỗi hộp bao nhiêu kg). Đơn vị tính phải thống nhất với đơn vị tính của hàng hóa có cùng mã số quy định tại Thông tư số 156/2011/TT-BTC ngày 14/11/2011 của Bộ Tài chính về việc ban hành Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam; (3) Đối với các trường hợp tên hàng, đơn vị tính không được khai báo cụ thể, rõ ràng, không định lượng được theo quy định nêu trên, thì yêu cầu người khai hải quan khai làm rõ thêm thông tin về hàng hóa.
Hai là, Kiểm tra tính chính xác của hồ sơ (như: các phép tính số học); sự trung thực, phù hợp về nội dung giữa các chứng từ trong bộ hồ sơ hải quan (như: so sánh, đối chiếu giữa các điều khoản của hợp đồng); so sánh, đối chiếu các nội dung của hóa đơn thương mại với hợp đồng mua bán hàng hóa; so sánh, đối chiếu các nội dung khai báo trên tờ khai trị giá với các chứng từ tương ứng có liên quan trong hồ sơ hải quan.
Ba là, kiểm tra tính phù hợp của các chứng từ liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế.
Bốn là, kiểm tra tính tuân thủ nguyên tắc và các phương pháp xác định trị giá tính thuế hướng dẫn tại Nghị định số 40/2007/NĐ-CP, Thông tư số 205/2010/TT-BTC và Thông tư này; các điều kiện áp dụng, trình tự các phương pháp được sử dụng để xác định trị giá khai báo.
Năm là, Kiểm tra mức giá khai báo: Cơ quan hải quan so sánh, đối chiếu mức giá khai báo với cơ sở dữ liệu giá tại thời điểm kiểm tra trị giá.