Theo đó, Thông tư quy định nội dung báo cáo quyết toán vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước hằng năm như sau:

1. Các loại kế hoạch vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước thực hiện lập báo cáo quyết toán năm, gồm: Vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước được Nhà nước giao kế hoạch trong năm; vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước thuộc kế hoạch các năm trước được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển sang năm quyết toán thực hiện và thanh toán.

2. Đối với vốn đầu tư được cơ quan có thẩm quyền cho phép ứng trước kế hoạch vốn năm sau thì không yêu cầu lập báo cáo quyết toán năm, nhưng lập báo cáo tổng hợp tình hình thực hiện và thanh toán vốn trong năm để cơ quan tài chính các cấp theo dõi và quản lý theo quy định.

3. Vốn thanh toán được đưa vào báo cáo quyết toán năm, bao gồm:

-Tổng số vốn thanh toán cho khối lượng hoàn thành của các dự án đầu tư được giao trong năm kế hoạch, kể cả thanh toán bằng hình thức ghi thu, ghi chi hay thanh toán bằng ngoại tệ từ ngày 01 tháng 01 năm kế hoạch đến thời hạn chỉnh lý quyết toán.

Trường hợp trong kế hoạch vốn đầu tư được giao có bố trí để thu hồi số vốn đã được ứng trước kế hoạch của các dự án (theo kết quả giải ngân thực tế), số vốn quyết toán là tổng số vốn thanh toán khối lượng hoàn thành đến hết niên độ quyết toán, bao gồm cả phần thanh toán khối lượng hoàn thành của kế hoạch ứng trước đã thanh toán trước đây chuyển sang.

- Vốn thanh toán cho khối lượng hoàn thành của các dự án đầu tư bằng nguồn vốn thuộc kế hoạch năm trước được phép chuyển năm sau thực hiện và thanh toán, kể cả thanh toán bằng hình thức ghi thu, ghi chi hay thanh toán bằng ngoại tệ từ ngày 01 tháng 02 năm kế hoạch đến hết thời hạn chỉnh lý quyết toán.

- Thanh toán từ ngày 01 tháng 02 năm kế hoạch đến thời hạn chỉnh lý quyết toán các khoản đã tạm ứng theo chế độ chưa thu hồi từ các năm trước chuyển sang năm kế hoạch, sau khi trừ đi số vốn tạm ứng theo chế độ chưa thu hồi của các năm trước nộp điều chỉnh giảm trong năm (nếu có).

4. Đối với số vốn tạm ứng theo chế độ chưa thu hồi không đưa vào quyết toán niên độ ngân sách của năm quyết toán. Sau thời gian chỉnh lý quyết toán, số dư tạm ứng theo chế độ chưa thu hồi còn lại được chuyển sang ngân sách năm sau để thu hồi tạm ứng, cơ quan tài chính không phải xét chuyển.

5. Số liệu báo cáo quyết toán phải được phản ánh chi tiết theo từng Bộ, ngành, địa phương, từng nguồn vốn, từng dự án, trong đó chi tiết vốn trong nước và vốn nước ngoài (nếu có).

Vốn nước ngoài đưa vào quyết toán niên độ ngân sách năm, gồm: số vốn nước ngoài đã được thực hiện ghi thu, ghi chi và số vốn nước ngoài được thanh toán theo cơ chế tài chính trong nước (nếu có), đồng thời các đơn vị báo cáo thành biểu riêng đối với các dự án có vốn nước ngoài được thanh toán theo cơ chế tài chính trong nước tương tự như mẫu biểu có vốn nước ngoài.

6. Phần thuyết minh:

- Đối với chủ đầu tư: báo cáo tình hình thực hiện kế hoạch, thanh toán, quyết toán vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước được Nhà nước giao trong năm; thuyết minh các tồn tại, vướng mắc, các yếu tố ảnh hưởng đến thực hiện kế hoạch, thanh toán, quyết toán vốn; đề xuất các biện pháp tháo gỡ có liên quan đến quản lý vốn đầu tư.

- Đối với các Bộ, ngành trung ương; cơ quan cấp trên của chủ đầu tư; các Sở, ban, ngành địa phương; chủ đầu tư (hoặc Ban quản lý dự án chuyên ngành, Ban quản lý dự án khu vực): Báo cáo tổng quát tình hình thực hiện kế hoạch, thanh toán, quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước được Nhà nước giao trong năm; thuyết minh các tồn tại, vướng mắc, các yếu tố ảnh hưởng đến thực hiện kế hoạch, thanh toán, quyết toán vốn so với kế hoạch được giao, trong đó nêu rõ việc tăng giảm kế hoạch vốn đầu tư; đề xuất các biện pháp tháo gỡ có liên quan đến quản lý vốn đầu tư.

- Đối với cơ quan Kho bạc Nhà nước, cơ quan thanh toán:

Báo cáo tổng quát đặc điểm, tình hình thanh toán, quyết toán sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước được Nhà nước giao trong năm do Kho bạc Nhà nước (hoặc cơ quan thanh toán) kiểm soát thanh toán.

Đề xuất và kiến nghị tháo gỡ những tồn tại, vướng mắc có liên quan đến công tác quyết toán vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước hằng năm cũng như công tác quản lý vốn đầu tư.

7. Phần số liệu và biểu mẫu:

- Đối với chủ đầu tư thực hiện các biểu ban hành kèm theo Thông tư này gửi cơ quan cấp trên của chủ đầu tư, bao gồm: Biểu số 01/CĐT về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước theo niên độ ngân sách năm; biểu số 02/CĐT về báo cáo kế hoạch và thanh toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước - ứng trước kế hoạch vốn ngân sách năm sau; biểu số 03/CĐT về báo cáo tổng hợp kết quả xử lý các kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra của các dự án sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước trong năm quyết toán; biểu số 04/CĐT về Bảng đối chiếu xác nhận số liệu các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước.

Chủ đầu tư phải đối chiếu, xác nhận số liệu về kế hoạch và vốn đã thanh toán với Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch (hoặc cơ quan thanh toán vốn) theo mẫu biểu số 04/CĐT trước khi lập báo cáo quyết toán năm. Đối với ngân sách cấp xã, Kho bạc Nhà nước phối hợp với UBND xã rà soát, đối chiếu, bảo đảm khớp đúng số liệu giữa Kho bạc Nhà nước và kế toán xã. Kết quả đối chiếu là cơ sở để UBND xã báo cáo quyết toán ngân sách xã.

-  Đối với các Bộ, ngành trung ương; cơ quan cấp trên được phân cấp quản lý của chủ đầu tư; các sở, ban, ngành địa phương thực hiện các biểu ban hành kèm theo Thông tư này: Biểu số 01/CQTH về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước theo niên độ ngân sách năm; biểu số 02/CQTH về báo cáo kế hoạch và thanh toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước - Ứng trước kế hoạch vốn ngân sách năm sau; biểu số 03/CQTH về báo cáo tổng hợp kết quả xử lý các kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra của các dự án sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước trong năm quyết toán; biểu số 04/CQTH về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước do địa phương quản lý. Biểu này do Sở Tài chính cấp tỉnh tổng hợp gửi báo cáo Bộ Tài chính (Vụ Đầu tư); biểu số 05/CQTH về Bảng đối chiếu xác nhận số liệu các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước.

Các Bộ, ngành trung ương phải đối chiếu, xác nhận số liệu về kế hoạch và vốn đã thanh toán với Kho bạc Nhà nước theo mẫu biểu số 05/CQTH trước khi lập và gửi báo cáo quyết toán theo niên độ ngân sách hằng năm cho Bộ Tài chính.

- Đối với Kho bạc Nhà nước các cấp thực hiện các biểu ban hành kèm theo Thông tư này: Biểu số 01/KBQT về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước của các Bộ, ngành trung ương, địa phương - chi tiết theo nguồn và đơn vị, do Kho bạc Nhà nước tổng hợp gửi cơ quan tài chính cùng cấp; biểu số 02/KBQT về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước của các Bộ, ngành trung ương - tổng hợp theo đơn vị và chi tiết đến dự án, do Kho bạc Nhà nước tổng hợp gửi cơ quan tài chính cùng cấp; biểu số 03/KBQT về báo cáo quyết toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước của các tỉnh, thành phố - tổng hợp theo đơn vị và chi tiết đến dự án, do Kho bạc Nhà nước tổng hợp gửi cơ quan tài chính cùng cấp; biểu số 04/KBQT về báo cáo kế hoạch và thanh toán các nguồn vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước - Ứng trước kế hoạch vốn ngân sách năm sau của các Bộ, ngành và địa phương - tổng hợp theo đơn vị và chi tiết đến dự án, do Kho bạc Nhà nước tổng hợp gửi cơ quan tài chính cùng cấp; biểu số 05/KBQT về báo cáo tổng hợp thanh toán vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước. Biểu này do Kho bạc Nhà nước và các đơn vị nhận vốn bằng hình thức lệnh chi tiền tổng hợp gửi cơ quan tài chính cùng cấp.

- Đối với các đơn vị nhận vốn bằng hình thức lệnh chi tiền: Khi lập báo cáo quyết toán niên độ ngân sách nhà nước hằng năm các đơn vị báo cáo thành biểu riêng tương tự như các mẫu biểu số: 01/CĐT; 02/CĐT; 01/CQTH; 02/CQTH, 02/KBQT; 04/KBQT; 05/KBQT nêu trên.

- Đối với các dự án được giao kế hoạch vốn nước ngoài thanh toán theo cơ chế tài chính trong nước: Khi lập báo cáo quyết toán niên độ ngân sách năm đề nghị các đơn vị báo cáo thành biểu riêng tương tự như các mẫu biểu có vốn nước ngoài nêu trên (ban hành kèm theo thông tư này).

8. Đối với việc xử lý, tổng hợp, báo cáo kết quả thực hiện kết luận của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra: Chủ đầu tư, cơ quan cấp trên chủ đầu tư, các Bộ, ngành trung ương, các Sở, ban, ngành địa phương, Ủy ban nhân dân các cấp báo cáo tình hình thực hiện kết luận của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra của các chuyên đề, các dự án sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước được xử lý trong năm quyết toán, báo cáo rõ số vốn đã nộp hoàn trả ngân sách nhà nước, số vốn đã thu hồi do chi sai của các nhà thầu, số vốn đã giảm trừ trong thanh toán, số vốn còn lại chưa thực hiện thu hồi, nộp hoàn trả ngân sách nhà nước theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra theo mẫu biểu quy định tại Thông tư này.