Thông tư này áp dụng đối với tổ chức, cá nhân tham gia sản xuất, kinh doanh các sản phẩm thực phẩm, các vi chất bổ sung vào thực phẩm, phụ gia, hương liệu, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm, dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm; các cơ quan, tổ chức và cá nhân khác có hoạt động liên quan đến bảo đảm an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ Y tế. Theo đó, truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm thực hiện theo các nguyên tắc sau: Việc truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm theo nguyên tắc một bước trước - một bước sau, bảo đảm theo dõi và nhận diện được công đoạn sản xuất trước và công đoạn sản xuất sau trong cơ sở sản xuất; cơ sở sản xuất, kinh doanh trước và cơ sở sản xuất, kinh doanh sau đã sản xuất, kinh doanh sản phẩm thực phẩm; Việc truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm được thực hiện theo lô sản xuất đối với sản phẩm thực phẩm cần truy xuất; Khi thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn, cơ sở sản xuất, kinh doanh sản phẩm thực phẩm sử dụng thông tin được trích xuất từ hệ thống dữ liệu truy xuất nguồn gốc sản phẩm do cơ sở thiết lập và các nguồn thông tin khác có liên quan.

Các cơ sở sản xuất, kinh doanh sản phẩm thực phẩm có trách nhiệm: Thiết lập hệ thống dữ liệu truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm, lưu giữ đầy đủ thông tin về lô sản phẩm thực phẩm, nguồn gốc, xuất xứ, an toàn sản phẩm, nguyên liệu, quy trình sản xuất, chế biến, bảo quản, kinh doanh sản phẩm thực phẩm theo quy định của Bộ Y tế; Lưu trữ và duy trì hệ thống dữ liệu thông tin truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm của cơ sở trong thời gian tối thiểu là 12 (mười hai) tháng kể từ ngày hết hạn sử dụng của lô sản phẩm, 24 tháng kể từ ngày sản xuất lô sản phẩm đối với dụng cụ, vật liệu chứa đựng, tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm và sản phẩm thực phẩm không yêu cầu bắt buộc ghi hạn sử dụng; Phải thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn và gửi báo cáo bằng văn bản kết quả thực hiện việc truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm về cơ quan có thẩm quyền tối đa 05 (năm) ngày làm việc kể từ khi tự phát hiện hoặc nhận được thông tin cảnh báo của tổ chức, cá nhân hoặc yêu cầu truy xuất của cơ quan có thẩm quyền. Báo cáo có đầy đủ thông tin của hệ thống dữ liệu truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm đối với cơ sở sản xuất kinh doanh sản phẩm thực phẩm; Phân tích, xác định nguyên nhân gây mất an toàn đối với lô sản phẩm thực phẩm phải truy xuất. Trường hợp sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn phải được thu hồi và xử lý theo đúng quy định pháp luật; Việc áp dụng hệ thống dữ liệu truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm theo mã nhận diện sản phẩm được thực hiện khi có yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định các trường hợp truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn, gồm:. Cơ sở sản xuất, kinh doanh sản phẩm thực phẩm phải thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn ngay khi tự phát hiện hoặc nhận được thông tin cảnh báo của tổ chức, cá nhân về sản phẩm thực phẩm không bảo đảm an toàn của cơ sở; Cơ sở sản xuất, kinh doanh sản phẩm thực phẩm phải thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm không bảo đảm an toàn khi có yêu cầu của cơ quan chức năng có thẩm quyền.