Theo đó, Nghị định này quy định về cơ chế quản lý tài chính dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (gọi là dự án PPP) gồm: phương án tài chính của dự án PPP; phát hành trái phiếu của doanh nghiệp dự án PPP; quản lý, sử dụng vốn Nhà nước trong các dự án PPP; quyết toán vốn đầu tư công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng hoàn thành; trình tự, thủ tục xử lý tài sản chuyển giao công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền; chia sẻ phần doanh thu tăng, giảm.

Trong đó, nguyên tắc quản lý vốn Nhà nước sử dụng trong thực hiện dự án PPP như sau:

 Việc sử dụng vốn đầu tư công hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng được quy định cụ thể trong hợp đồng dự án PPP về tỷ lệ, giá trị, tiến độ, điều kiện quy định tại hợp đồng dự án PPP. Tỷ lệ vốn Nhà nước tham gia dự án PPP (hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng thuộc dự án PPP; Chi trả kinh phí bồi thường, giải phóng mặt bằng, hỗ trợ, tái định cư; hỗ trợ xây dựng công hình tạm) không quá 50% tổng mức đầu tư của dự án quy định tại hợp đồng dự án PPP. Đối với dự án có nhiều dự án thành phần, trong đó có dự án thành phần đầu tư theo phương thức PPP thì tỷ lệ vốn nhà nước không quá 50% tổng mức đầu tư của dự án thành phần có sử dụng vốn Nhà nước. Phần vốn Nhà nước sử dụng trong dự án PPP không tính vào phương án thu hồi vốn và lợi nhuận của nhà đầu tư.

Thẩm quyền, trình tự, thủ tục quyết định sử dụng tài sản công để hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản công. Tài sản công hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng phải được thẩm định giá theo quy định của pháp luật về giá, pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản công. Thời điểm phát hành chứng thư thẩm định giá để xác định giá trị giá tài sản công không quá 06 tháng tính đến thời điểm trình cấp có thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư dự án PPP.

Vốn Nhà nước để thanh toán cho doanh nghiệp dự án PPP cung cấp sản phẩm, dịch vụ công thực hiện theo hợp đồng BTL, hợp đồng BLT: Đối với các dự án do các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập không tự đảm bảo chi thường xuyên hoặc đảm bảo một phần là cơ quan ký kết hợp đồng, vốn thanh toán cho doanh nghiệp dự án PPP gồm: vốn đầu tư công được bố trí trong kế hoạch đầu tư công trung hạn và hằng năm để thanh toán chi phí đầu tư của dự án PPP; vốn chi thường xuyên từ ngân sách nhà nước được bố trí trong dự toán hằng năm và các khoản thu (nếu có) của dự án PPP để thanh toán chi phí vận hành của doanh nghiệp dự án PPP. Đối với các dự án do các đơn vị sự nghiệp công lập tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư là cơ quan ký kết hợp đồng, vốn thanh toán cho doanh nghiệp dự án PPP bao gồm: quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị sự nghiệp, nguồn chi đầu tư phát triển từ ngân sách nhà nước cấp được bố trí để thanh toán phần chi phí đầu tư của dự án PPP thuộc phần vốn Nhà nước trong dự án PPP; nguồn thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật (nếu có). Nguồn vốn thanh toán, điều kiện thanh toán, mức vốn thanh toán, thời điểm thanh toán, thời hạn thanh toán phải được quy định trong hợp đồng dự án PPP.

Vốn nhà nước bố trí từ nguồn vốn chi thường xuyên thanh toán cho phần chi phí triển khai thực hiện dự án sau khi ký kết hợp đồng của cơ quan có thẩm quyền, cơ quan ký kết hợp đồng được thực hiện theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.

Nhà nước thanh toán cho doanh nghiệp dự án PPP phần doanh thu giảm theo cơ chế chia sẻ tăng, giảm doanh thu từ dự phòng ngân sách nhà nước, cụ thể:

Đối với doanh nghiệp dự án PPP: phần doanh thu tăng mà doanh nghiệp dự án PPP chia sẻ với nhà nước được tính là khoản giảm trực tiếp vào doanh thu khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp dự án PPP; oanh nghiệp ddự án PPP nộp phần doanh thu tăng mà doanh nghiệp dự án PPP chia sẻ với Nhà nước vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước; phần doanh thu giảm mà Nhà nước chia sẻ với doanh nghiệp dự án PPP được tính là khoản doanh thu cung cấp sản phẩm, dịch vụ công của doanh nghiệp dự án PPP. Doanh nghiệp dự án PPP không phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng đối với phần doanh thu giảm mà nhà nước chia sẻ với doanh nghiệp dự án.

Đối với Nhà nước: phần doanh thu tăng mà doanh nghiệp dự án PPP chia sẻ với Nhà nước  đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, người đứng đầu cơ quan trung ương, cơ quan khác là khoản thu của ngân sách trung ương; phần doanh thu tăng mà doanh nghiệp dự án PPP chia sẻ với Nhà nước đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh là khoản thu của ngân sách địa phương; nguồn vốn Nhà nước thanh toán chia sẻ phần doanh thu giảm cho doanh nghiệp dự án PPP là nguồn vốn Nhà nước thanh toán chia sẻ phần doanh thu giảm đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, người đứng đầu cơ quan trung ương, cơ quan khác từ nguồn dự phòng ngân sách trung ương, nguồn vốn Nhà nước thanh toán chia sẻ phần doanh thu giảm  đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh từ nguồn dự phòng ngân sách địa phương; Nhà nước thanh toán phần doanh thu giảm cho doanh nghiệp dự án PPP sau khi có quyết định của cấp có thẩm quyền về sử dụng dự phòng ngân sách nhà nước cho dự án PPP. Phần doanh thu giảm nhà nước chia sẻ cho doanh nghiệp dự án PPP là doanh thu không bao gồm thuế giá trị gia tăng.