Thông tư trên quy định về lập, ban hành và thực hiện quy trình vận hành công trình thủy lợi; điểm giao nhận sản phẩm, dịch vụ thủy lợi; cắm mốc chỉ giới phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi; quản lý, khai thác công trình thủy lợi nhỏ, thủy lợi nội đồng.

Quy trình vận hành công trình thủy lợi là văn bản quy định về nguyên tắc, trách nhiệm, tổ chức thực hiện, trình tự vận hành và các thông số kỹ thuật công trình thủy lợi phục vụ sản xuất nông nghiệp, dân sinh và các ngành kinh tế khác; đảm bảo các công trình làm việc đúng năng lực thiết kế và an toàn, hài hòa lợi ích giữa các nhu cầu dùng nước (sau đây gọi là Quy trình vận hành). Quy trình vận hành phải bảo đảm an toàn cho công trình và an toàn cho người, tài sản trong khu vực;  cung ứng các sản phẩm, dịch vụ thủy lợi theo nhiệm vụ thiết kế của công trình; phù hợp với quy trình vận hành hồ chứa, liên hồ chứa có liên quan đến công trình được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; hài hòa các lợi ích, hạn chế tác động bất lợi đến các vùng liên quan; phát huy hiệu quả khai thác tổng hợp, phục vụ đa mục tiêu của công trình thủy lợi; công khai, minh bạch có sự tham gia của tổ chức, cá nhân trong cung cấp, sử dụng sản phẩm, dịch vụ thủy lợi. Công trình thủy lợi đang khai thác chưa có quy trình vận hành, chậm nhất là 03 năm kể từ ngày 01/7/2018, phải có quy trình vận hành được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trừ công trình thủy lợi nhỏ. Đối với hồ chứa nước đang khai thác chưa có quy trình vận hành, thời hạn phải có quy trình vận hành được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của Chính phủ về quản lý an toàn đập, hồ chứa nước.

Điểm giao nhận sản phẩm, dịch vụ thủy lợi giữa tổ chức khai thác công trình thủy lợi do Bộ quản lý và tổ chức khai thác công trình thủy lợi do địa phương quản lý là vị trí được xác định theo quyết định phân cấp của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.  Điểm giao nhận sản phẩm, dịch vụ thủy lợi giữa tổ chức, cá nhân khai thác công trình với tổ chức thủy lợi cơ sở là vị trí được xác định theo quy mô thủy lợi nội đồng. Quy mô thủy lợi nội đồng được quy định theo diện tích tưới, tiêu thiết kế của khu vực tưới, tiêu đối với từng vùng như sau: Miền núi: Nhỏ hơn hoặc bằng 50 ha; Đồng bằng sông Hồng: Nhỏ hơn hoặc bằng 250 ha; Trung du, duyên hải miền Trung, Tây Nguyên, Đông Nam bộ: Nhỏ hơn hoặc bằng 200 ha; Đồng bằng sông Cửu Long: Nhỏ hơn hoặc bằng 400 ha. Trường hợp tổ chức thủy lợi cơ sở đáp ứng điều kiện năng lực, việc mở rộng quy mô thủy lợi nội đồng do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định. Các trường hợp không xác định được vị trí cụ thể thì tổ chức, cá nhân cung cấp và tổ chức, cá nhân sử dụng sản phẩm, dịch vụ thủy lợi tự thỏa thuận điểm giao nhận sản phẩm, dịch vụ thủy lợi.

Mốc chỉ giới phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi là mốc xác định đường ranh giới phân định phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi và ngoài phạm vi bảo vệ công trình (sau đây gọi là Mốc chỉ giới). Việc cắm mốc chỉ giới phải căn cứ vào phạm vi bảo vệ, hiện trạng công trình và yêu cầu quản lý. Trường hợp không thể cắm mốc chỉ giới theo quy định thì dùng mốc tham chiếu để thay thế. Trường hợp mốc chỉ giới cần cắm trùng với mốc hành lang bảo vệ nguồn nước hoặc mốc của công trình khác đã được cắm trước đó thì coi mốc hành lang bảo vệ nguồn nước hoặc mốc của công trình khác là mốc tham chiếu. Các trường hợp phải cắm mốc chỉ giới, gồm: Đập của hồ chứa nước có dung tích từ 500.000 m3 trở lên hoặc đập có chiều cao từ 10 m trở lên; lòng hồ chứa nước có dung tích từ 500.000 m3 trở lên; kênh có lưu lượng từ 5 m3/s trở lên hoặc chiều rộng đáy kênh từ 5 m trở lên, trừ kênh chìm; cống có tổng chiều rộng thoát nước từ 10 m trở lên đối với vùng đồng bằng sông Cửu Long, từ 5 m trở lên đối với các vùng còn lại. Căn cứ yêu cầu công tác quản lý, bảo vệ công trình, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định cụ thể các trường hợp cắm mốc chỉ giới phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi khác trên địa bàn.

Công trình thủy lợi nhỏ, thủy lợi nội đồng do tổ chức thủy lợi cơ sở trực tiếp quản lý, khai thác hoặc lựa chọn tổ chức, cá nhân quản lý, khai thác. Loại hình tổ chức thủy lợi cơ sở và phương thức quản lý, khai thác công trình thủy lợi nhỏ, thủy lợi nội đồng do tổ chức thủy lợi cơ sở quyết định khi được tối thiểu 75% thành viên của tổ chức thông qua. Tổ chức thủy lợi cơ sở thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật về hợp tác xã, pháp luật về dân sự và điều lệ hoặc quy chế hoạt động dịch vụ thủy lợi được trên 50% thành viên của tổ chức thủy lợi cơ sở thông qua và Ủy ban nhân dân cấp xã xác nhận. Toàn bộ người sử dụng sản phẩm, dịch vụ thủy lợi là thành viên của tổ chức thủy lợi cơ sở. Tổ chức thủy lợi cơ sở được hỗ trợ kỹ thuật, nghiệp vụ của cơ quan chuyên môn về thủy lợi và của doanh nghiệp khai thác công trình thủy lợi trên địa bàn. Đối với công trình thủy lợi phục vụ cấp, tưới, tiêu và thoát nước cho 2 xã trở lên thì thành lập tổ chức thủy lợi cơ sở theo loại hình Hợp tác xã hoặc liên hiệp tổ chức thủy lợi cơ sở.