Theo đó, một số điểm mới của Luật Hải quan 2014 được phân thành các nhóm cơ bản sau:

            1. Nhóm vấn đề về cải cách thủ tục hải quan, hiện đại hoá quản lý hải quan, nội luật hoá các cam kết quốc tế đáp ứng yêu cầu hội nhập và tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu.

            - Thay đổi căn bản phương thức thực hiện thủ tục hải quan từ phương thức truyền thống, bán điện tử sang phương thức điện tử.

Tại khoản 2 Điều 29 Luật hải quan quy định việc khai hải quan được thực hiện theo phương thức điện tử, việc khai trên tờ khai giấy chỉ áp dụng đối với một số trường hợp cụ thể do Chính phủ quy định.

             - Tiếp tục đơn giản hóa thủ tục hành chính về hải quan (Điều 23, Điều 24, Điều 60)

Tại khoản 1 điều 24 của Luật quy định chung thống nhất về hồ sơ hải quan theo đó: chỉ có tờ khai hải quan là chứng từ bắt buộc phải có khi làm thủ tục hải quan, đối với các chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan giao Bộ Tài chính quy định cụ thể trường hợp phải nộp hoặc xuất trình phù hợp với quy định của pháp luật liên quan.

Đối với trường hợp áp dụng cơ chế một cửa quốc gia, khoản 3 Điều 24 Luật hải quan quy định cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành gửi giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu, văn bản thông báo kết quả kiểm tra, miễn kiểm tra chuyên ngành dưới dạng điện tử thông qua hệ thống thông tin tích hợp (người khai hải quan không phải nộp chứng từ này).

Về thời hạn cơ quan hải quan làm thủ tục hải quan: tại Điều 23 của Luật đã quy định rõ công chức hải quan kiểm tra hồ sơ chậm nhất 2 giờ làm việc kể từ thời điểm cơ quan hải quan tiếp nhận đầy đủ hồ sơ hải quan; thời gian kiểm tra thực tế hàng hoá là 8 giờ làm việc kể từ thời điểm người khai hải quan xuất trình đầy đủ hàng hoá cho cơ quan hải quan (Luật hiện hành là 02 ngày làm việc); trường hợp cần thiết phải gia hạn thì thời gian gia hạn tối đa không quá 2 ngày.

- Áp dụng đầy đủ nguyên tắc quản lý rủi ro trong kiểm tra, giám sát hải quan (Điều 17) 

Việc áp dụng quản lý rủi ro trong từng quy trình, nghiệp vụ hải quan cụ thể được quy định tại các điều: Điều 32 về kiểm tra hồ sơ hải quan, Điều 33 về kiểm tra thực tế hàng hóa, Điều 34 về kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp vắng mặt người khai hải quan, Điều 38 về phương thức giám sát hải quan, Điều 78 về các trường hợp kiểm tra sau thông quan; các điều từ 93 đến 96 về thu thập, xử lý thông tin hải quan.

- Quy định về chế độ ưu tiên, tạo thuận lợi về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện (các Điều 42, 43, 44, 45)

- Thực hiện cơ chế xác định trước cho doanh nghiệp về mã số, xuất xứ, trị giá hải quan (Điều 18, Điều 28)

- Tạo cơ sở pháp lý để thực hiện thủ tục hải quan, chế độ kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo cơ chế một cửa quốc gia (Điều 4, Điều 24)

2. Nhóm vấn đề về nâng cao hiệu lực, hiệu quả của hoạt động quản lý hải quan; tăng cường công tác bảo vệ an ninh quốc gia và an ninh kinh tế nhằm phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại.

- Quy định về địa bàn hoạt động hải quan được bổ sung đầy đủ và minh bạch

(Điều 07)

- Tạo cơ sở pháp lý để tăng cường hoạt động kiểm tra sau thông quan (các điều từ 77 đến 82)

+ Các trường hợp kiểm tra sau thông quan: Luật quy định 3 trường hợp: Kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan và quy định khác của pháp luật liên quan đến quản lý xuất khẩu, nhập khẩu. Đối với các trường hợp không thuộc quy định vừa nêu thì việc kiểm tra sau thông quan được thực hiện trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro. Kiểm tra việc tuân thủ pháp luật của người khai hải quan (Điều 78).

+ Địa điểm kiểm tra: Tại trụ sở cơ quan hải quan, trụ sở người khai hải quan (khoản 2 Điều 77).

+ Thời hạn kiểm tra: 05 năm, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan (khoản 3 Điều 77).

+ Thẩm quyền ra quyết định kiểm tra: Cục trưởng Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan, yêu cầu người khai hải quan cung cấp hóa đơn thương mại, chứng từ vận tải, hợp đồng mua bán hàng hóa, chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, chứng từ thanh toán, hồ sơ, tài liệu kỹ thuật của hàng hóa liên quan đến hồ sơ đang được kiểm tra và giải trình những nội dung liên quan. Thẩm quyền quyết định kiểm tra sau thông quan: Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan quyết định kiểm tra sau thông quan trong phạm vi toàn quốc; Cục trưởng Cục Hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan trong địa bàn quản lý của Cục.Trường hợp kiểm tra doanh nghiệp không thuộc phạm vi địa bàn quản lý được phân công, Cục Hải quan báo cáo Tổng cục Hải quan xem xét phân công đơn vị thực hiện kiểm tra.Việc kiểm tra đánh giá tuân thủ pháp luật của người khai hải quan thực hiện theo kế hoạch kiểm tra sau thông quan hàng năm do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành (khoản 1 Điều 79 và khoản 1 Điều 80).

- Tăng cường hoạt động của cơ quan hải quan trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới (Điều 88, 89, 90)

+ Về phạm vi trách nhiệm phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới (Điều 88)

+ Về thẩm quyền của cơ quan hải quan trong việc áp dụng các biện pháp phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới (Điều 89)

+ Về thẩm quyền của cơ quan hải quan, công chức hải quan trong việc xử lý hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới (Điều 90)

Ngoài ra còn có nhóm vấn đề về sửa đổi, bổ sung những quy định trong Luật hiện hành để bảo đảm tính thống nhất, khả thi của pháp luật hải quan, phù hợp với văn bản pháp luật có liên quan và thực tế hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu.