Theo đó, đối tượng áp dụng là các tổ chức, cá nhân sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thuộc Danh mục sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển trên lãnh thổ Việt Nam; cơ quan Thuế và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.

Thông tư quy định đối với người nộp thuế là tổ chức: Người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng  theo quý đối với doanh thu của sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thuộc Danh mục sản phẩm giá trị gia tăng (GTGT) ưu tiên phát triển (không phân biệt có doanh thu trên hay dưới 50 tỷ đồng/năm).

Trường hợp người nộp thuế vừa có doanh thu của sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thuộc Danh mục sản phẩm công nghiệp hỗ trợ (CNHT) ưu tiên phát triển và có doanh thu từ các hoạt động sản xuất kinh doanh khác thì người nộp thuế cũng thực hiện khai thuế GTGT theo quý. Trường hợp không thực hiện khai theo quý, người nộp thuế có thể lựa chọn khai thuế GTGT theo tháng và thông báo với cơ quan thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Về khai thuế giá trị gia tăng, Thông tư này hướng dẫn cụ thể như sau: Đối với người nộp thuế là cá nhân có phát sinh doanh thu của sản phẩm CNHT thuộc Danh mục sản phẩm công nghiệp phát triển thì thực hiện khai thuế theo năm và nộp thuế giá trị gia tăng theo quý. Trường hợp cá nhân nộp thuế theo từng lần phát sinh có phát sinh doanh thu của sản phẩm CNHT thuộc Danh mục sản phẩm CNHT ưu tiên phát triển thì thực hiện khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh hoặc có thể lựa chọn khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng theo tháng.

 Hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế là tổ chức thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính. Hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế là cá nhân thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15/6/2015 của Bộ Tài chính.

Về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, Thông tư quy định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ từ ngày 01 tháng 01 năm 2015 đáp ứng các điều kiện quy định tại Luật số 71/2014/QH13 ngày 26 tháng 11 năm 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành, được cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy xác nhận ưu đãi sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ.

 Trình tự, thủ tục xác nhận ưu đãi và hậu kiểm ưu đãi đối với dự án sản xuất sản phẩm CNHT thuộc Danh mục sản phẩm CNHT ưu tiên phát triển thực hiện theo quy định tại Thông tư số 55/2015/TT-BCT  ngày 30/12/2015 của Bộ Công thương.

Giấy xác nhận ưu đãi sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển là cơ sở để áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Về mức ưu đãi, thời điểm bắt đầu áp dụng ưu đãi, việc chuyển tiếp ưu đãi thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp xác định riêng thu nhập từ dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển để hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định.