Ngày 01 tháng 9 năm 2016, Chính phủ ban hành Nghị định số 127/2016/NĐ-CP quy định Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định thành lập Khu vực Thương mại tự do ASEAN - Ôt-xtrây-lia - Niu Di-lân giai đoạn 2016 - 2018. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 9 năm 2016 và bãi bỏ Thông tư số 168/2014/TT-BTC ngày 14 tháng 11 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Ngày 21 tháng 9 năm 2016, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 141/2016/TT-BTC sửa đổi Thông tư số 172/2015/TT-BTC ngày 09/11/2015 và Thông tư số 173/2015/TT-BTC ngày 09/11/2015 quy định về phí sử dụng đường bộ.
Ngày 10 tháng 10 năm 2016, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 41/2016/QĐ-TTg ban hành Quy chế quản lý, điều hành thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia. Quyết định này có hiệu lực thi hành từ ngày 25 tháng 11 năm 2016 và thay thế Quyết định số 135/2009/QĐ-TTg ngày 04 tháng 11 năm 2009.
Ngày 07 tháng 10 năm 2016, Chính phủ và Đoàn Chủ tịch Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam ban hành Nghị quyết liên tịch số 88/NQLT/CP-ĐCTUBTWMTTQVN phối hợp thực hiện giảm nghèo bền vững, xây dựng nông thôn mới, đô thị văn minh. Nghị quyết liên tịch này có hiệu lực thi hành từ ngày ký ban hành.
Ngày 19 tháng 09 năm 2016, Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Thông tư số 33/2016/TT-BYT quy định tổ chức và hoạt động xét nghiệm vi sinh trong bệnh viện. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 03 tháng 11 năm 2016. Mục 42 về “Trưởng khoa vi sinh” trong Quyết định số 1895/1997/BYT-QĐ ngày 19 tháng 9 năm 1997 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc ban hành Quy chế bệnh viện hết hiệu lực kể từ ngày 03 tháng 11 năm 2016.
Ngày 26 tháng 9 năm 2016, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 142/2016/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ thẩm định giá. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2017 và thay thế Thông tư 155/2014//TT-BTC ngày 23 tháng 10 năm 2014 của Bộ Tài chính.
Ngày 15 tháng 9 năm 2016, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 137/2016/TT-BTC sửa đổi Thông tư số 172/2014/TT-BTC ngày 14/11/2014 và Thông tư số 154/2015/TT-BTC ngày 05/10/2015 quy định về phí sử dụng đường bộ.
Ngày 10 tháng 10 năm 2016, Chính phủ ban hành Nghị định số 140/2016/NĐ-CP về lệ phí trước bạ. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2017.
Ngày 03 tháng 10 năm 2016, Bộ Công Thương ban hành Thông tư số 22/2016/TT-BCT thực hiện Quy tắc xuất xứ hàng hóa trong Hiệp định Thương mại hàng hóa ASEAN. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 11 năm 2016 và bãi bỏ Thông tư số 21/2010/TT-BCT ngày 17 tháng 5 năm 2010 của Bộ trưởng Bộ Công Thương thực hiện Quy tắc xuất xứ trong Hiệp định Thương mại hàng hóa ASEAN và Thông tư số 42/2014/TT-BCT ngày 18 tháng 11 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Công Thương sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 21/2010/TT-BCT.
