Theo đó Thông tư quy định áp dụng chế độ ưu tiên trong việc thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp, đại lý, dự án được áp dụng chế độ ưu tiên; thủ tục thẩm định, công nhận, tạm đình chỉ, đình chỉ, chế độ quản lý đối với doanh nghiệp, đại lý và dự án được áp dụng chế độ ưu tiên.

Cụ thể, Doanh nghiệp được hưởng 07 chế độ ưu tiên sau:

1. Miễn kiểm tra chứng từ, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa.
2. Thông quan bằng tờ khai chưa hoàn chỉnh.
3. Ưu tiên thứ tự làm thủ tục hải quan.
4. Kiểm tra chuyên ngành.
5. Thủ tục thuế.
6. Thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ
7. Kiểm tra sau thông quan

Tuy nhiên, Doanh nghiệp phải đáp ứng đủ các điện sau để được áp dụng chế độ ưu tiên:

Thứ nhất, điều kiện tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế

Trong thời hạn 02 (hai) năm liên tục, gần nhất tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi sau:

1. Các hành vi trốn thuế, gian lận thuế; buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới;

2. Các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan có hình thức, mức xử phạt vượt thẩm quyền Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và các chức danh tương đương;

3. Đối với đại lý làm thủ tục hải quan, số tờ khai hải quan đại lý làm thủ tục đứng tên bị xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, lĩnh vực thuế thuộc thẩm quyền xử lý của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và chức danh tương đương không vượt quá tỷ lệ 0,5% tính trên tổng số tờ khai đã làm thủ tục hải quan.

4. Không nợ thuế quá hạn theo quy định.

Thứ hai, điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu

1. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất nhập khẩu từ 100 triệu USD/năm trở lên.

2. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa sản xuất tại Việt Nam từ 40 triệu USD/năm trở lên.

3. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản sản xuất hoặc nuôi, trồng tại Việt Nam từ 30 triệu USD/năm trở lên.

4. Đại lý thủ tục hải quan: số tờ khai hải quan đã làm thủ tục hải quan đứng tên đại lý trong năm đạt từ 20.000 tờ khai/năm trở lên.

Kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu quy định nêu trên là kim ngạch bình quân của 02 (hai) năm liên tục, gần nhất tính đến ngày doanh nghiệp có văn bản đề nghị xem xét, không bao gồm kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu, ủy thác.

5. Không áp dụng điều kiện kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu đối với các doanh nghiệp được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao.

Thứ ba, điều kiện về thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử

Thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử; có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp đảm bảo yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan.

Thứ tư, điều kiện về thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

Thực hiện thanh toán đối với các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu qua ngân hàng theo quy định của ngân hàng nhà nước. Doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo cho cơ quan hải quan số tài khoản, danh sách các ngân hàng giao dịch.